La entrevista entre San Martín y Bolívar tuvo lugar los días 26 y 27 de julio de 1822 en la ciudad de Guayaquil. Los dos libertadores, el del Norte y el del Sur conferenciaron a solas, sin la presencia de testigos.
Cuando Bolívar llegó a Guayaquil escribió a San Martín informándole del suceso y de la anexión de esa provincia a Colombia. El 23 de julio le volvió a escribir invitándole a verse:
San Martín y Bolivar sostuvieron una reunión en Guayaquil a solas y sin testigos el 26 de julio de 1822, en donde trataron principalmente tres cuestiones: el destino de la Provincia de Guayaquil, la reparación de la ayuda que el Perú había brindado anteriormente para la liberación de aquella provincia, y el final de la campaña contra los realistas, cuya definitiva etapa debía librarse en el recientemente Independiente Perú, ya que en zonas de la sierra peruana se encontraban los últimos reductos de los ejércitos realistas instalados en Sudamérica. En la noche del 27 de julio de 1822, Bolívar agasajó a San Martín con un banquete y en la mitad del mismo, y bajo un estricto secreto de todo lo conversado, tal cual lo convenido, San Martín se retiró hacia el muelle, y se embarcó hacia el Perú, dejando en manos de Bolívar parte de su ejército.
Años después, en carta al general Miller, fechada en Bruselas el 19 de abril de 1827, habla así de la entrevista de Guayaquil:
"En cuanto a mi viaje a Guayaquil, él no tuvo otro objeto que el de reclamar del general Bolívar los auxilios que pudiera prestar para terminar la guerra del Perú; auxilios que una justa retribución (prescindible de los intereses generales de América) lo exigía por los que el Perú tan generosamente había prestado para libertar el territorio de Colombia. Mi confianza en el buen resultado estaba tanto más fundada, cuanto el ejército de Colombia, después de la batalla de Pichincha se había aumentado con los prisioneros y contaba con 9.600 bayonetas; pero mis esperanzas fueron burladas al ver que en mi primer conferencia con el Libertador me declaró que haciendo todos los esfuerzos posibles sólo podía desprenderse de tres batallones con la fuerza total de 1.070 plazas".. .
Juntamente con la carta a Miller hay dos más que corroboran la posición expresada en la carta a Bolívar del 29 de agosto, dada a conocer por Lafond de Lurcy; se trata de la que escribió San Martín al general Ramón Castilla, el 11 de noviembre de 1848 y de la carta a Guido del 18 de diciembre de 1827.
No habiendo logrado la unión de ambos ejércitos para terminar la guerra de la independencia del Perú, y habiéndose persuadido San Martín de que su presencia era el obstáculo para la intervención de Bolívar, dejó el campo libre, no por un impulso repentino, sino después de una larga meditación.
San Martín antes de renunciar y abandonaba el Perú nombró antes de retirarse a Rudecindo Alvarado Gran Mariscal del Perú y jefe de todas las fuerzas argentinas. Y le encargó hacer una campaña a los "puertos intermedios", es decir, del sur del Perú y del norte de Chile, para tomar la ciudad de Arequipa y tener dos flancos desde donde atacar a los realistas del Cuzco. A pesar de contar con una fuerza de cinco mil hombres, la campaña pronto se convirtió en un desastre. En dos días sufrieron dos derrotas en Torata y en Moquegua. El ejército se reembarcó en Ilo, puerto de Arequipa; varias cargas de la caballería del coronel Juan Lavalle los salvaron de ser capturados, pero algunos de sus barcos se hundieron al regreso. Fue nombrado gobernador de la guarnición de El Callao, pero ésta se sublevó y se pasó a los realistas. Fue tomado prisionero y trasladado a La Paz, pero al llegar la noticia de Ayacucho, sus propios carceleros lo liberaron.
El 20 de agosto llegó a Lima; la opinión pública había sido alterada por el pasionismo político; en ausencia de San Martín, Riva Agüero había desencadenado una conspiración y para ello había contado con la pasividad o la complicidad de algunos jefes del ejército libertador; esa conspiración exigió y logró la renuncia de Monteagudo, ministro del Protector, acusado de arbitrariedades y de persecución de los españoles después del desastre de Ica.
San Martín fue bien recibido, aún por aquellos que habían cooperado a la destitución de Monteagudo; pero no dejó de advertir que la opinión pública no estaba de su parte, ya que los propios jefes del ejército se habían desligado de él o habían olvidado al compromiso de Rancagua. Había tomado la decisión de alejarse del Perú y en Lima la reafirmó, según lo hizo saber a O'Higgins y a Bolívar el 25 de agosto.
San Martín no tuvo ninguna apetencia de mando político y se ocupó de dar término a los preparativos de la campaña que había dispuesto siguiendo su último plan de acción y dio las instrucciones del caso al general Alvarado; en ellas figuraba su interés por la liberación del territorio de las Provincias Unidas del Río de la Plata, que incluyan las cuatro provincias altoperuanas. "El general en jefe del ejército de los Andes —decía— mantendrá ileso y en su respectiva integridad todo el territorio que por sus límites conocidos corresponde a las Provincias Unidas".
El ejército expedicionario partió del Callao en octubre, pero para el 20 de setiembre había sido convocado el Congreso del Perú.
San Martín lo declaró instalado y le hizo, entrega del poder que había recibido y renunció al mando. El Congreso, que presidió el sacerdote y abogado Francisco Javier Luna Pizarro, lo nombró generalísimo de los ejércitos de mar y tierra y le acordó una pensión vitalicia y el título de "Fundador de la libertad del Perú". Aceptó los títulos y la pensión, pero no el cargo que se le ofrecía. En la misma noche del 20 de setiembre embarcó en el bergantín Belgrano que le esperaba en Ancón y se dirigió a Valparaíso. Permaneció tres meses en Chile, enfermo, calumniado sordamente, y a fines de 1823 se trasladó a Mendoza, y en febrero de 1824 embarcó en Buenos Aires en el Bayonnais para su ostracismo voluntario y definitivo.