A fines de 1821 la situación de los realistas había cambiado y mejorado. La Serna trasladó su cuartel general a Cuzco e instaló el gobierno del virreinato allí. El grueso del ejército, al mando de Canterac, permaneció en el valle de Jauja; las unidades del Alto Perú fueron concentradas en Oruro y reforzadas las guarniciones de Puno, Arequipa, Huancavélica y Huamanga (Ayacucho) para vigilar la costa meridional.
En la relativa inactividad de los independientes, el virrey reclutó efectivos, y acumuló víveres y recursos para futuras operaciones. Una columna móvil al mando del coronel Loriga fue despachada en diciembre con el objeto de requisar equipos, municiones, medicinas, etc., hacia Pasco; fue atacada por sorpresa por un destacamento patriota de 200 hombres, reforzado con 5.000 indios, a las órdenes del gobernador Francisco de Paula Otero; los realistas contraatacaron al día siguiente y causaron una derrota completa a los patriotas.
En el mismo mes de diciembre se produjo una sublevación indígena en la región de Cangallo y fue sangríamente sofocada por el coronel Carratalá; el pueblo de Cangallo fue incendiado y destruido, y se prohibió su reconstrucción. En homenaje a esa población se dio el nombre de Cangallo a una calle de Buenos Aires.
Al finalizar el año 1821 las fuerzas realistas triplicaban las de los patriotas y se sentían seguras en la sierra; los patriotas en Lima y en Callao no tenían perspectivas de éxito en una campaña a fondo contra el enemigo, aunque el dominio del mar estuviese en sus manos.
Dejó San Martín de lado los planes monárquicos para buscar la cooperación con los ejércitos de Colombia y, después de una mejor visión del cuadro general, resolvió entrevistarse con Bolívar para combinar las operaciones; previó las dificultades que habrían de surgir en torno a Guayaquil y consideró ya la posibilidad de retirarse.
Entre varias rebeliones y movimientos independentistas, la población de origen morochuco de la región de Cangallo declaró su independencia de las autoridades coloniales españolas en 1814. Los combates contra las tropas coloniales se extendieron hasta 1821, año en que el general José de San Martín proclamara la independencia del Perú.
Basilio Auqui se convirtió en uno de los líderes de la resistencia de los morochucos, adquiriendo gran fama al preparar un barrizal en la pampa de Seqchapampa en forma de trampa para la caballería española, a la que emboscarían una vez atrapada en el lodo, estrategia que discurrió exitosamente el 21 de noviembre de 1821, la caballería se precipitó sobre el barrizal y fue atacada por las fuerzas rebeldes. Se dice que 400 soldados españoles murieron y ninguno sobrevivió para contar la historia.1 A modo de venganza por este hecho, el intendente José Carratalá atacó Cangallo el 17 de diciembre de 1821. Cangallo fue arrasada por las tropas españolas y su población fue masacrada, incluyendo a todos los niños, mujeres y ancianos.
Auqui logró perpetrar varios ataques más, pero su campaña acabó en 1822, al ser traicionado por un miembro de su tropa, cuando Carratalá ofreció una gran recompensa por su cabeza. El traidor de nombre Quinto aceptó el dinero y Auqui fue capturado, llevado a Huamanga —la actual Ayacucho— y fusilado en la plaza Santa Teresa, lugar donde hoy se erige un monumento en su memoria.
Preparó el viaje para la entrevista y anticipó la convocatoria del congreso del Perú (21-27 de diciembre de 1821), a fin de que decidiese respecto a la forma de gobierno del nuevo Estado, una medida que aplacó los ánimos de los disidentes y descontentos exacerbados por el partidismo y los proyectos monárquicos comentados apasionadamente.
Militarmente, no contaba San Martín más que con las fuerzas que había traído de Chile; la contribución de efectivos del nuevo Estado era reducida hasta entonces; los guerrilleros preferían hacer la guerra por su cuenta y a su modo, sin disciplina ni subordinación al ejército; las insurrecciones indígenas no servían prácticamente a los objetivos de la independencia y sólo provocaban sangrientas represiones por parte de los realistas.
La entrevista con Bolívar era indispensable para convenir sobre los problemas políticos y militares pendientes; Bolívar había manifestado su propósito de dirigirse a Guayaquil para iniciar desde allí la campaña sobre Quito, y San Martín delegó el mando en el marqués de Torre-Tagle el 19 de enero de 1822 y partió en la goleta Montezuma. Pero la entrevista no se realizó entonces, pues Bolívar había alterado sus planes y emprendió la campaña de Quito por el sur de Colombia, dirigiéndose a Pasto. San Martín se enteró del cambio cuando ya había partido del Callao y regresó a Lima el 3 de marzo.