Se encontraba San Martín en situación bastante crítica para continuar la lucha con sus solos recursos y veía la necesidad de combinar sus fuerzas con las de Colombia para llegar a la decisión final; por eso aplazó la cuestión de la anexión de Guayaquil, que esperaba resolver diplomáticamente; con ese propósito también había iniciado los pasos previos para una entrevista con Bolívar. Por el momento resolvió centrarlo todo en las exigencias de la guerra.
En agosto de 1821 nombró gobernador del departamento de Trujillo al general Alvarez de Arenales y le encomendó el reclutamiento y la organización de contingentes para una nueva división; para todo lo demás debía confiar en el factor tiempo.
La obligada pasividad fue minando su prestigio en la sociedad limeña; la moral de sus tropas comenzó a decaer y la disciplina a relajarse en la inacción. Además, contribuía a ese declive la presencia en tierra extraña sin el respaldo de un gobierno nacional propio.
Un sector de la opinión le era hostil a causa de algunas medidas adoptadas y recelaba de sus intenciones; Monteagudo y Torre-Tagle le inspiraban decisiones que chocaban con los intereses, hábitos y tradiciones de la sociedad limeña. En el Boletín del Ejército Unido Libertador del Perú y en El Pacificador del Perú volcó Monteagudo tanto sus propias ideas como las que mantenía San Martín. Y fue Monteagudo el que divulgó la concepción política monárquica para el nuevo país independiente.
JULIO 1821
AGOSTO 1821
OCTUBRE 1821
DICIEMBRE 1821
ENERO 1822
AGOSTO 1822
SEPTIEMBRE 1822
Manuel Blanco Encalada asumió el 7 de febrero con el grado de vicealmirante el mando de la escuadra peruana, remplazando a Guisse que quedó como su segundo. En este cargo y a bordo de la fragata Protector, buque insignia de la escuadra peruana, apoyó en la conducción por mar de casi a todas las expediciones que de Guayaquil y el Callao salieran al mando de comandantes como Rudecindo Alvarado, Andrés de Santa Cruz, Antonio José de Sucre y otros jefes para los diversos puertos de la costa peruana. Durante estas comisiones tuvo la oportunidad de conocer al general Simón Bolívar con quien hizo amistad. Su cargo de jefe de la escuadra peruana lo desempeñó hasta principios de 1823, ya que fue designado por el nuevo gobierno peruano de José de la Riva Agüero como ministro plenipotenciario del Perú ante las Provincias Unidas del Río de la Plata para que consiguiera apoyo de ese gobierno.
Sin determinar la forma de gobierno que habría de regir el nuevo Estado, dictó el 8 de octubre de 1821 un estatuto provisional que recuerda las primeras instituciones de las Provincias Unidas a partir de 1811 en el establecía las normas a que se ajustaría su conducta como gober-nante y declaraba por su honor que no permanecería en el poder más que hasta que la independencia del país quedase asegurada; entonces convocaría a un congreso constituyente para que dictase la constitución del Estado según la voluntad soberana del pueblo.
En el Estatuto provisional, jurado en la Plaza de Lima el 8 de octubre de 1821, se marca una corriente centralizadora en la creación del Consejo de Estado, compuesto por doce individuos, los tres ministros de Estado, el presidente de la alta cámara de justicia, el general en jefe del ejército unido, el jefe del estado mayor general del Perú, el conde de Valle-Oselle, el deán de la catedral, el marqués de Torre-Tagle, el conde de la Vega y el conde de Torre-Velarde.
Entre las disposiciones que abrían nuevos horizontes y buscaban una adaptación de las normas coloniales anacrónicas "a la justicia y a las luces del siglo", figura, por ejemplo, el decreto del 31 de diciembre en defensa del teatro y de los actores, hasta allí al margen del buen concepto de la sociedad limeña. Declaró San Martín, refrendado por Bernardo Monteagudo:
1ºEl arte escénico no irroga infamia al que lo profesa.
2º Los que ejerzan este arte en el Perú podrán optar a los empleos públicos, y serán considerados en la sociedad según la regularidad de sus costumbres, y a proporción de los talentos que posean.
3º Los cómicos que por sus vicios degraden su profesión, serán separados de ella".
San Martín asumió oficialmente el mando político y militar de los departamentos libres y el título de Protector, por decreto suyo del viernes 3 de agosto. El mismo renunció al cargo el viernes 20 de setiembre de 1822, fecha de la instalación del Congreso Constituyente que convocó el 27 de diciembre del año anterior y el cual depositó el día siguiente en la flamante Junta Gubernativa los poderes devueltos por el general.
Al momento del ascenso de San Martín, el Perú se hallaba dividido en lo militar y administrativo en dos territorios: El norte, incluyendo Lima y un sector del centro del país, se encontraban en manos de los patriotas, mientras que el sur y centro-oriente era dominado desde el Cuzco por realistas.
El protectorado duró un año, un mes y 17 días y tuvo las siguientes realizaciones político–administrativas
Creó unidades militares peruanas para dar comienzo a la formación del ejército nacional; articuló la hacienda pública y ordenó el régimen comercial; declaró la libertad de vientres y la de los esclavos que se incorporasen al ejército; suprimió los tormentos; estableció la libertad de imprenta; fundó una biblioteca pública; instituyó la Orden del Sol, con privilegios para los condecorados con ella que movieron al congreso, cuatro años después, a anularla.
Algunas de sus medidas no fueron aprobadas por el pueblo limeño y, además, se hacían circular aviesamente rumores de que el Protector se proponía hacerse coronar rey del Perú; las ventajas personales concedidas a los jefes del ejército libertador disminuyeron el prestigio de su gobierno. Y se añadió a eso la divergencia entre San Martín y Cochrane, el cual exigía el pago de los sueldos atrasados en un tono agresivo que anunciaba el próximo rompimiento.
Se descubrió a mediados de octubre una conspiración para deponer al Protector; en ella habría de intervenir el coronel Tomás Heres, comandante del batallón Numancia, a quien se destituyó del mando y se envió a Colombia.
Los jefes del ejército de los Andes quebrantaron la antigua solidaridad y cohesión; algunos de ellos fueron separados del ejército, entre ellos Las Heras, que pidió el relevo y regresó a Buenos Aires, siendo reemplazado en el mando por el general Rudecindo Alvarado.
San Martín lo envió con gran parte del Ejército de los Andes a Mendoza, pero cuando comenzó la revolución federal en San Juan, logró pasar con parte del mismo a Chile. Se unió a la campaña al Perú como jefe del Regimiento de Granaderos a Caballo. Participó en las negociaciones con el virrey Pezuela y fue de los primeros en entrar en al ciudad de Lima. Fue jefe de estado mayor del ejército peruano. A mediados de 1822, San Martín renunciaba y abandonaba el Perú. Pero antes de retirarse nombró a Alvarado Gran Mariscal del Perú y jefe de todas las fuerzas argentinas. Y le encargó hacer una campaña a los "puertos intermedios", es decir, del sur del Perú y del norte de Chile, para tomar la ciudad de Arequipa y tener dos flancos desde donde atacar a los realistas del Cuzco. A pesar de contar con una fuerza de cinco mil hombres, la campaña pronto se convirtió en un desastre. En dos días sufrieron dos derrotas en Torata y en Moquegua. El ejército se reembarcó en Ilo, puerto de Arequipa; varias cargas de la caballería del coronel Juan Lavalle los salvaron de ser capturados, pero algunos de sus barcos se hundieron al regreso. Fue nombrado gobernador de la guarnición de El Callao, pero ésta se sublevó y se pasó a los realistas. Fue tomado prisionero y trasladado a La Paz, pero al llegar la noticia de Ayacucho, sus propios carceleros lo liberaron.
Por otra parte, San Martín había ido robusteciendo su convicción de la imposibilidad de establecer el régimen republicano en los nuevos países, según expuso en carta confidencial a O'Higgins; trataba, en consecuencia, de hallar soluciones en una monarquía a base de un príncipe de alguna de las casas reinantes en Europa. Monteagudo mismo ha debido inclinarse también a ese criterio; en la Sociedad patriótica de Lima que había creado, uno de sus miembros desarrolló el tema que el gobierno democrático no se adaptaba al Perú y puso de manifiesto, en cambio, las ventajas del régimen monárquico; esa opinión fue apasionadamente combatida en la prensa y comentada con hostilidad. Ricardo Piccirilli transcribe este comentario de Monteagudo en El Pacificador del Perú, 30 de mayo de 1821:
"Que todo hombre que sabe leer y escribir, que conoce a su país y que desea el orden prefiera una monar-quía a la continuación de una inquietud y confusión, es muy natural. Que los enemigos de la paz y de la tranquilidad del Estado sean también los enemigos de este proyecto parece indisputable. Nadie puede dudar que la Europa y todo el mundo civilizado se hallen interesados en la tranquilidad de aquel país"...
¿Fue un recurso diplomático? ¿Fue una creencia íntima?
La verdad es que la acumulación de adversidades hizo que San Martín contemplase sombríamente en aquellos momentos la independencia suramericana.
Los realistas eran fuertes todavía; los patriotas, inferiores militarmente por el número, debían quedar inactivos para no correr el riesgo de una destrucción total; con ello fue decayendo su moral y su disciplina. La ayuda de Bolívar era problemática todavía, pues no había logrado vencer la resistencia enemiga en Pasto; las facciones dividían al pueblo peruano y se formaron núcleos hostiles entre sí y contra el gobierno.
Pero esas divisiones y la inferioridad militar eran más peligrosas en el Perú que en Chile y en la Argentina, porque el peligro de guerra se había alejado de las fronteras de estos últimos países. Si La Serna se decidía a una gran ofensiva, la revolución, podía quedar vencida por unos años y los sacrificios hechos habrían sido estériles. Sólo un gobierno fuerte, una dictadura o una monarquía podían salvar la situación. Como San Martín no tenía vocación por el poder, pensó en la coronación de algún príncipe de las casas reinantes en Europa.
Con la aprobación del consejo de Estado, envió el Protector a Diego Paroissien y a García del Río en misión diplomática a Londres, para que gestionasen el reconocimiento de la independencia peruana y la protección de Inglaterra; debían iniciar también gestiones y sondeos en Rusia, Austria, Francia y Portugal en busca de un príncipe de las casas reinantes. Poco puede extrañar ese estado de ánimo cuando en España misma, con un fuerte movimiento liberal, todavía en 1868 se buscó por Europa un candidato al trono español vacante y el general Prim logró la adhesión de Amadeo de Saboya.
Los comisionados de San Martín partieron para Europa, pero sus gestiones fueron superadas por los acontecimientos americanos, que modificaron totalmente el panorama político del Perú.
Las diferencias del almirante Cochrane con San Martín comenzaron desde antes de la marcha de la expedición libertadora. La situación se agravó cuando reclamó, en tono agresivo, el pago de los sueldos atrasados al gobierno del Perú, y el rompimiento se produjo cuando Cochrane se apoderó de unos caudales públicos y privados depositados en Ancón y los distribuyó entre su personal, sin atender las reclamaciones del gobierno. Recriminado por esa acción, se alzó con la escuadra y abandonó las aguas peruanas el 6 de octubre de 1821.
San Martín había previsto ese desenlace y había iniciado la formación de una pequeña flota peruana: el bergantín Pezuela, la goleta Montezuma, a los que agregó la corbeta Limeña, el bergantín Belgrano y la goleta Castelli, adquirida ésta con fondos del Perú; el mando de esa escuadra fue confiado al capitán Guise, a quien reemplazó poco después el vicealmirante Blanco Encalada. Cochrane trató de capturar las fragatas españolas Prueba y La Venganza, pero éstas se habían entregado al gobierno de Guayaquil. Reclamó Cochrane esas naves al gobierno del Perú, pero no fue escuchado. Se retiró con la escuadra a Chile y abandonó definitivamente la revolución americana.