San Martín había pensado inicialmente dirigirse a Arequipa o al Cuzco para operar desde allí junto con el ejército de Belgrano y las huestes de Martín Güemes a fin de destruir el ejército realista del Alto Perú y luego marchar unidos sobre Lima. La operación suponía la derrota o dispersión del ejército de reserva de Arequipa y la reunión con Belgrano después de cortar las comunicaciones de las fuerzas realistas del Alto Perú. Pero mientras tanto, Lima podía acudir con sus efectivos y tomar a las fuerzas expedicionarias por retaguardia, obligándoles a combatir en dos frentes. Por otro lado, la región montañosa y desértica, sin recursos, sin caminos, lejos del punto de apoyo de la escuadra, no era favorable.
Los patriotas peruanos habían propuesto a San Martín varios proyectos: Bernárdez Polledo sugería un desembarco en Pisco con un ejército de cuatro a seis mil hombres para sublevar los esclavos de los valles e iniciar una guerra de recursos, avanzando hacia Lurín, desde donde se intimaría la rendición de Lima, aislada, sin posibilidad de recibir recursos. Otro plan proponía un doble desembarco al norte y al sur de Lima y el avance convergente hacia la capital, mientras la escuadra hacía demostraciones sobre el Callao. Ninguno de esos planes fue aprobado por carecer de la visión exacta de las posibilidades reales y no partir de un criterio militar práctico.
La situación para los expedicionarios no era fácil. La fuerza de San Martín era más bien la significación moral de su nombre después de la campaña de Chile; pero con ella sola no podía vencer a las concentraciones militares realistas; sus tropas eran exiguas en comparación con las del enemigo y, por tanto, no debía aventurarse en operaciones importantes, en tierra extraña y lejos de las bases de aprovisionamiento, por lo menos hasta remontar los efectivos. De las Provincias Unidas del Río de la Plata, absorbidas por la guerra civil, no podía esperar ninguna ayuda, sobre todo después que el ejército del Norte fue llevado al litoral, donde se desvaneció como tal. Tampoco Chile, donde los conflictos internos germinaban sin cesar, podría aumentar su apoyo material en hombres y elementos para la guerra. San Martín debía cimentar todo su plan en las fuerzas de que disponía y en los recursos que pudiese hallar en el Perú. Eso le obligaba a obrar con suma cautela. Ya se le halada escrito a Guido cuando éste le comunicó la resolución la logia favorable a la expedición:
"Nuestra situación es tal que si tirando un dado a la fortuna, no salimos a buscar recursos al Perú, vamos a perecer de consunción, y llegará tiempo en que las fuerzas actuales no bastarán ni aún para la seguridad de este país".
En esa penuria y en ese desamparo, San Martín debía, por tanto, ganar tiempo con vistas a una cooperación futura con Bolívar en el caso de no lograr el aumento de sus fuerzas en el Perú para obrar decisivamente. Su carta fuerte consistía en postergar la decisión, la batalla definitiva, mientras que los realistas, al contrario, habrían deseado una derrota rápida del ejército libertador sanmartiniano y de las fuerzas de Bolívar antes de que pudiesen enlazar y combinar su acción.
Se imponía como táctica el método de incursionar con operaciones secundarias para obtener recursos del territorio y acrecentar las propias fuerzas; pero eso entrañaba el riesgo de una, ofensiva a fondo del adversario para asestar un golpe mortal a los invasores antes de que se hiciesen fuertes. Para evitar el peligro de una gran concentración de los realistas, era conveniente simular desembarcos en distintos puntos a fin de desorientar y dejar en la perple-jidad al enemigo, obligándolo a mantener sus fuerzas dispersas.
La protección de la escuadra era fundamental no sólo para los desembarcos simulados a lo largo de la costa y para hacer factible el envío de expediciones al interior, sino también para inmovilizar la escuadra enemiga en el Callao.
Las operaciones importantes, pues, debían ser descartadas, incluso las que ofreciesen perspectivas favorables. El plan sanmartiniano se concretó en estos puntos:
La cooperación de las fuerzas patriotas del Alto Perú habría sido muy ventajosa, pues ellas podrían inmovilizar el ejército del general Ramírez y no le dejarían cooperar en la defensa de Arequipa o de Lima. Pero la sublevación del ejército del Norte en Arequito hizo perder toda esperanza de ayuda por ese lado; no obstante, San Martín se dirigió a todos, al coronel Bernabé Aráoz, convertido en árbitro de las provincias del norte, a Güemes para que destinase una división de 1.000 hombres al Alto Perú; ambos fueron favorables a los deseos de San Martín, pero no les fue posible acudir por el estado de disgregación en que se encontraban aquellas provincias; además, murió Güemes precisamente cuando se disponía a reunir fuerzas para auxiliar al Libertador. San Martín, pues, tuvo que resignarse a lo que tenía ya y a lo que pudiese obtener en el propio teatro de operaciones.