Algunos objetivos previos a la invasión del Perú se habían cumplido; por ejemplo, la creación de una escuadra para disputar o lograr el dominio marítimo y, además, la pacificación del sur chileno. También se había desarrollado en territorio peruano una hábil guerra de zapa, con una red de espías que creaba el ambiente propicio para el alzamiento revolucionario.
Pero faltaba algo esencial: la organización del ejército expedicionario y su equipo, y la escasez financiera en Santiago y en Buenos Aires hacían muy dificultosa esa tarea; y como si esas contrariedades fueran pocas, había también opositores a la expedición libertadora y los gobiernos de ambos países interesados no parecían tener mayor prisa en que se iniciasen las operaciones.
San Martín había previsto para su expedición al Perú un ejército de 6.100 hombres de las tres armas, con 24 piezas de artillería de campaña, 6 de sitio, 2 morteros y 2 obuses pesados; además, material para el ataque a la fortaleza del Callao: granadas de mano, escalas, explosivos, etc., y armamento para equipar un ejército peruano.
Se dirigió a O'Higgins y a Pueyrredón, pero no logró avanzar en la organización del ejército ni en la acumulación de los materiales requeridos. Chile estaba exhausto y no se comprometía tampoco a reunir los efectivos humanos que exigía San Martín, porque necesitaba disponer antes de tropas para guarnecer la capital y las provincias.
En vista de la situación sin salida, se dirigió San Martín oficialmente al gobierno de Chile para que respondiese en forma categórica si se hallaba dispuesto a proporcionar los elementos que necesitaba para la expedición al Perú; O'Higgins respondió que consideraba esencial esa campaña, pero que el gobierno no disponía de medios para cubrir los gastos; allanaría todos los obstáculos si San Martín encontraba auxilios financieros fuera de Chile.
Las relaciones entre los gobiernos de Chile y Buenos Aires eran muy frías y San Martín se dirigió a Pueyrredón para insistir nuevamente en la necesidad de la operación peruana; le advirtió en diciembre de 1818 que el ejército de los Andes corría el riesgo de disolverse a causa de la miseria y unos días después amenazó separarse del mando.
Recibió algunas promesas vagas, pero estaba decidido a llevar sus planes a buen término, y continuó la lucha para lograr sus propósitos. Presionó sobre los gobernantes chilenos insinuando la amenaza de regresar a Cuyo con el ejército de los Andes, pretextando la amenaza de una invasión realista al Río de la Plata; pero no dejaba de señalar al mismo tiempo que el retiro del ejército de Chile sumiría al país en el desorden, y las tropas del ejército de los Andes serian consumidas por la guerra civil que azotaba a las Provincias Unidas.
Amenazaba a Chile con el alejamiento del ejército de los Andes e insinuaba a Pueyrredón que no debía ordenar el repliegue de la cordillera más que de una parte de ese ejército; procuraba hacer entender a los dos gobiernos el peligro del abandono de la campaña, la disolución de la alianza chileno-argentina, la floración del caos en Chile y la posibilidad de que el virrey Pezuela aprovechase la oportunidad para rescatar el territorio chileno.
Concentró San Martín las unidades argentinas en Curimón, cerca de la quebrada que conduce a Mendoza por Uspallata, y comunicó oficialmente a O'Higgins la partida del ejército hacia Cuyo.
Pueyrredón autorizó el repaso de la cordillera de una división del ejército de los Andes; la otra quedaría en Chile. Pero cuando O'Higgins advirtió los peligros que entrañaría el retiro de las tropas de San Martín, recurrió a la logia Lautaro para que le hiciese desistir de esa actitud; la logia exigió que San Martín fuese auxiliado para realizar el plan de la expedición al Perú.
Sin confiar excesivamente en esas gestiones, hizo replegar a Mendoza la primera división y dejo al coronel Las Heras al frente del grueso de las fuerzas en Chile.
Pueyrredón estaba preocupado por las noticias que llegaban sobre la preparación de una expedición en Cádiz con destino al Río de la Plata y ordenó a San Martín el regreso de todas las fuerzas del ejército de los Andes; pero la sublevación del general Riego desvaneció ese peligro y, además, se había manifestado un brote de fiebre amarilla entre las tropas expedicionarias. Conocidos los sucesos de Cádiz que alejaban todo peligro por esta parte, San Martin suspendió los preparativos para marchar a Buenos Aires. Pero entonces Pueyrredón le exigió el envío de la división acantonada en Cuyo, para que contribuyese a sofocar la sublevación de Estanislao López en Santa Fe; con el mismo objeto se había ordenado al ejército de Belgrano que acu-diese al litoral desde la frontera norte. Estanislao López se enteró de esas órdenes a ambos ejércitos y entabló negociaciones de paz.
San Martín continuó presionando sobre los dos gobiernos a fin de lograr apoyo para sus objetivos; el 5 de febrero de 1819 se firmó un tratado que comprometía a Buenos Aires y a Santiago a realizar la campaña del Perú.
En marzo de 1819 le visitó en Mendoza un emisario de la logia, el sargento mayor Manuel Borgoño, para informarse de las necesidades que se habrían de satisfacer a fin de llevar a cabo la expedición al Perú. San Martín expresó entonces que se contentaría con 4.000 hombres si no era posible reunir un ejército de 6.000, y que le bastarían 500.000 pesos, de los cuales contaba ya con 200.000, correspondientes al empréstito de medio millón contratado por el gobierno de Buenos Aires. Se transmitieron a la logia y al gobierno chileno esas bases, que fueron aceptadas y se acordó realizar la expedición. El propio O'Higgins escribió a San Martín para que regresara a Santiago, y Guido le comunicó en carta confidencial la resolución adoptada por la logia relativa a la expedición al Perú. San Martín respondió a Guido:
"Veo lo que Ud. me dice sobre la deliberación de nuestros amigos acerca de la expedición. La creo sumamente necesaria; pero los aprestos deben hacerse inmediatamente en términos que no queden en deliberaciones; si así se verifica, marcho al instante, no digo a Cordillera cerrada, pero con mil más que tuviese que pasar".