A comienzos de enero de 1821, ignorando que Álvarez de Arenales había abandonado la sierra, San Martín proyectó un ataque a los realistas de Aznapuquio en combinación con la división de aquél, para estrechar más el cerco de Lima; hizo avanzar el ejército hacia Retes y situó la primera línea entre Palpa y Ancón, cubriendo la región con partidas de patriotas peruanos que operaban en guerrillas.
A comienzos de enero de 1821, ignorando que Álvarez de Arenales había abandonado la sierra, San Martín proyectó un ataque a los realistas de Aznapuquio en combinación con la división de aquél, para estrechar más el cerco de Lima; hizo avanzar el ejército hacia Retes y situó la primera línea entre Palpa y Ancón, cubriendo la región con partidas de patriotas peruanos que operaban en guerrillas.
Una orden errónea transmitida por Alvarado fue interpretada por Álvarez de Arenales en el sentido de aproximarse al grueso del ejército expedicionario; cuando San Martín envió contraorden, la división se encontraba a tres jornadas de marcha de la costa y el 8 de enero se reunió con el grueso, como se ha dicho.
La llegada de Álvarez de Arenales decidió a San Martín el abandono del ataque proyectado, aunque sus avanzadas se hallaban a cinco leguas de Lima, y como la permanencia en Retes no era favorable para aceptar combate en el caso que el adversario resolviera librarlo, retrocedió a Huaura. Esa retirada fue interpretada por los realistas como una provocación para seguirlo y empeñar batalla, y no tomaron decisión alguna, lo cual aumentó la moral de los patriotas y la depresión de Pezuela, con el resultado de una deserción permanente de soldados nativos. La propaganda llevada hasta los alrededores de Lima por los guerrilleros peruanos repercutió en la moral de las tropas virreinales.
La situación en las filas realistas no era cómoda, el general José de La Serna había sido designado comandante en jefe del ejército, con el general José Canterac como jefe del estado mayor. Los jefes de tendencia liberal, constitucionalistas, se reunieron en una logia, y el 29 de enero de 1821 intimaron a Pezuela la entrega del mando a La Serna, dándole un plazo de cuatro horas. Pezuela acató la intimación y resignó sus funciones de virrey, de las que se hizo cargo La Serna.
El nuevo virrey nombró comandante en jefe del ejército al general Canterac y jefe de estado mayor al coronel Valdés. La situación no experimentó grandes cambios bajo la dirección de La Serna, pero el mayor dinamismo de éste hizo posible la prolongación de la lucha contra los independientes otros cuatro años.
Cabe señalar la labor realizada por el emisario regio Manuel Abreu. Este se dirigió primeramente al encuentro de San Martín y se hospedó en el cuartel de Huaura, donde recibió toda clase de agasajos y homenajes; luego fue al encuentro de La Serna y sin duda gravitó en él para que celebrase reuniones con San Martín; así fue cómo se celebró el acuerdo de Punchauca. El historiador Ricardo Piccirilli dio a conocer el diario de Abreu, en el que se encuentran noticias detalladas de esas entrevistas entre el jefe patriota y el virrey.
La Serna se decidió a un avenimiento con San Martín para poner término a las hostilidades y propuso una entrevista de representantes de ambas partes. San Martín accedió, y la entrevista se realizó en la hacienda de Torre Blanca, a mediados de febrero; por los realistas acudieron los coroneles Gerónimo Valdés y Juan Loriga, y por los patriotas José Tomás Guido y Rudecindo Alvarado.
Los patriotas rechazaron toda proposición que no tuviese por base el reconocimiento de la independencia del Perú y, por tanto, la negociación resultó infructuosa. Pero de conversaciones confidenciales entre Alvarado y Loriga se dedujo que los realistas abandonarían la capital y establecerían las bases de operaciones en la sierra; uno de los motivos de esa decisión fue la difusión de la peste en la región del litoral, que estaba diezmando sus filas.
También en el ejército libertador hacía estragos la peste y hubo días en que los muertos sumaron un centenar, aunque esas pérdidas fueron ocultadas al enemigo intensificando la guerra de recursos con guerrilleros hasta los alrededores de Lima y emprendiendo nuevas expediciones a la sierra y a los puertos de la costa.
El 13 de marzo de 1821 partió una expedición a los puertos intermedios, a las órdenes del almirante Cochrane y del teniente coronel Guillermo Miller, mientras se preparaba una nueva división a las órdenes de Álvarez de Arenales para operar nuevamente en la sierra.
El golpe de estado de José de la Serna contra Joaquín de la Pezuela se dio por múltiples factores en, por entonces, José de San Martín ocupaba los pueblos al norte de Lima, mientras Thomas Cochrane bloqueaba el Callao y finalmente, San Martín establece su base en Huaura y ocupaba Chancay con la amenaza de aislarla desde la sierra por la expedición de Juan Antonio Álvarez de Arenales, además mil negros se habían sublevado en Pisco animados por la llegada de los revolucionarios y de tres a cuatro mil indios en San Juan de Lucanas y Cangallo para ayudar a Arenales. Los revolucionarios eran 10.180 soldados y 5.000 montoneros. La población de la capital virreinal padecía hambre y pestes, lo que debilitó de Pezuela . Otro tema era la guerra civil en España mientras Pezuela era fiel al absolutismo , De la ser y su oficiales eran de tendencia liberal a este derrocamiento se lo llamo Pronunciamiento de Aznapuquio
Después de la sublevación de Riego y de la jura por Fernando VII de la constitución liberal, el gobierno español envió al Perú al capitán de fragata Manuel Abreu, con instrucciones para allanar las dificultades con los patriotas americanos. Abreu se dirigió a San Martín desde Panamá, y decidió entrevistarse con él antes que con el virrey La Serna. El comandante en jefe del ejército libertador recibió cortésmente al emisario y las conversaciones habidas dieron base a nuevas negociaciones que, al fin, condujeron al armisticio de Punchauca.
En representación del virrey acudieron a la hacienda de Punchauca: Manuel Abreu, Manuel del Llano y Nájera y Mariano Galdiano; por los patriotas, en representación de San Martín, fueron: José Tomás Guido, Juan José García del Río y José Ignacio de la Roza; García del Río era colombiano, vinculado en Europa a la Gran reunión americana; conoció en Londres a Álvarez Condarco y embarcó para Chile, donde estuvo junto a O'Higgins y redactó El Sol de Chile y El Telégrafo. Publicó en 1823 una biografía de San Martín con el seudónimo de Ricardo Gual y Jaén. La primera entrevista entre los comisionados tuvo lugar el 4 de mayo de 1821.
Óleo de Juan Lepiani que representa la entrevista de Punchauca, entre el virrey del Perú José de la Serna y el Libertador José de San Martín práctica. Uno de los realistas
Los patriotas mantuvieron las bases sostenidas en Miraflores y Torre Blanca, es decir, la independencia del Perú, de Chile y de las Provincias Unidas del Río de la Plata; los realistas tenían instrucciones para un armisticio de 16 meses de duración, al que se opusieron los patriotas si los españoles no entregaban como garantía las fortificaciones del Callao, en el estado en que se encontraban. El virrey se mostró inclinado a aceptar esas condiciones si se le permitía extraer de la fortaleza 12 cañones de gran calibre y si los patriotas respetaban los límites que se fijarían en el acuerdo. Por su parte, San Martín puso, primero, reparos a la entrega de la artillería, pero luego estuvo conforme con esa condición, aunque creyó necesaria una entrevista personal con el virrey.
La verdad es que ambas partes tenían interés, sobre todo, en ganar tiempo para mejorar sus posiciones y sus perspectivas y que ninguna de ellas creía en la sinceridad del adversario.
La entrevista de San Martín y La Serna se realizó en Punchauca el 2 de junio. San Martín expuso al virrey la esterilidad de los esfuerzos de España para conservar sus colonias y el triunfo final de los independientes aunque la guerra se prolongase todavía; invitó a La Serna a proclamar la independencia del Perú y a nombrar una regencia presidida por el propio La Serna con dos co-regentes designados por las partes para que gobernase el país hasta la llegada de un príncipe de la casa real de España, que sería reconocido como monarca constitucional.
En su evocación de estas conversaciones, José Tomás Guido (en La Revista de Buenos Aires, 1865), pone en boca de San Martín estas palabras: "Los liberales del mundo son hermanos en todas partes, y si en España se ha abjurado después esa contribución (la de Cádiz), volviendo al régimen antiguo, no es de suponerse que sus primeros cabos de América, que aceptaron ante el mundo de sostenerla, abandonen sus más íntimas convicciones, renunciando a elevadas ideas y a la noble aspiración de preparar en este vasto hemisferio, un asilo seguro para sus compañeros de creencias"...
No es fácil afirmar si la propuesta de San Martín fue uno de sus ardides de guerra habituales, para ganar tiempo, o si fue una actitud sincera. Mitre la juzga una claudicación de los principios revolucionarios; pero el general Miller afirmó que San Martín estaba persuadido de que el go-bierno de Madrid no aprobaría ese convenio y su principal objeto era comprometer a los jefes realistas de tal forma que no tuvieran más remedio que unir su suerte a la causa de la emancipación americana. La conferencia se prolongó hasta el 30 de junio sin llegar a ninguna conclusión práctica. Uno de los realistas