Cuando Álvarez de Arenales se retiró de Jauja en la primera campaña de la sierra, pocos días después llegó a ella el mayor Aldao y, al enterarse de la marcha de la división hacia la costa, y como Ricafort abandonara su persecución, replegándose a Huancavélica, decidió operar por su cuenta y mantener la insurrección con partidas de guerrilleros y núcleos de indios sublevados en la región entre Tarma y Huamanga.
Cuando Álvarez de Arenales se retiró de Jauja en la primera campaña de la sierra, pocos días después llegó a ella el mayor Aldao y, al enterarse de la marcha de la división hacia la costa, y como Ricafort abandonara su persecución, replegándose a Huancavélica, decidió operar por su cuenta y mantener la insurrección con partidas de guerrilleros y núcleos de indios sublevados en la región entre Tarma y Huamanga.
Con efectivos reclutados organizó una unidad de caballería, los granaderos a caballo del Perú, y otra de infantería, los leales del Perú; pero sus fuerzas no podían tener la ambición de quedar en posesión de una zona estratégica tan importante.
San Martín quiso explotar las ventajas obtenidas por Álvarez de Arenales, pero los realistas se apresuraron a tomar la iniciativa y se encontraban con sus fuerzas más próximos al valle de Jauja que las del ejército libertador. Desde febrero de 1821 se había hecho cargo de las opera-ciones en la sierra el coronel peruano Agustín Gamarra y las fuerzas de Aldao quedaron a sus órdenes.
Al abrigo de las negociaciones con los patriotas, poco antes del armisticio de Punchauca, el virrey La Serna, que tenía el propósito de evacuar Lima y ocupar las provincias centrales, envió a Gerónimo Valdés con 1.200 hombres para que se reuniese con Ricafort en Huancavélica, y re-conquistasen el valle de Jauja.
Los realistas no tuvieron mayor dificultad en dar cuenta de lo destacamentos patriotas que había dejado Aldao y se posesionaron de Jauja, Tarma y Pasco; Gamarra tuvo que retirarse y trasponer la cordillera por el paso de Oyón.
Logrado el objetivo, los realistas regresaron a Lima, quedando allí una división al mando del coronel Carratalá; en su marcha hacia la capital, fueron hostilizados constantemente por los guerrilleros, que les causaron muchas bajas, les tomaron prisioneros e hirieron de gravedad al propio Ricafort, que hubo de ser trasladado en camilla a Lima.
Agustín Gamarra estando en el Alto Perú fue acusado de alentar una conspiración en el cuartel general de Tupiza, que debía iniciarse con la prisión de los mandos españoles, para marchar luego hacia La Paz y Cuzco al mismo tiempo que la Expedición Libertadora de San Martín llegaba a la costa peruana. No se le pudo probar nada, y se optó por trasladarlo a Lima, junto con el temido segundo batallón del Regimiento N.° 1, del que era jefe. Llegado a la capital (noviembre de 1820), fue despojado del mando de su batallón y designado como ayuda de campo del virrey José de La Serna. Su ascendente carrera militar en el ejército realista parecía acabada, pero se abría otra opción para él, a poner fin a su fidelidad a la monarquía española, cuando junto con otros oficiales y soldados se presentó ante el cuartel general de San Martín en Retes, el 24 de enero de 1821, incorporándose así al ejército emancipador. Como primera misión fue enviado a la sierra central con la misión de formar un ejército regular sobre la base de las montoneras que actuaban en la región. Llegó a Jauja, pero le fue difícil cumplir su misión pues los reclutas eran reacios a la disciplina militar. De todos modos logró la formación de dos unidades de combate: el Batallón Leales y el Escuadrón de Granaderos del Perú. Se trasladó a Pasco, con instrucciones de no comprometerse en acción alguna estando en desventaja, pero una avanzada de su división fue sorprendida y derrotada por el ejército realista comandado por Mariano Ricafort, su antiguo superior (abril de 1821).
San Martín conocía por Loriga el propósito del virrey La Serna de abandonar Lima y de ahí su interés en acelerar las nuevas operaciones en la sierra; Álvarez de Arenales fue destacado nuevamente con una división de 2.100 hombres destinada a posesionarse de Tarma y Jauja para batir a las fuerzas del Valdés y Ricafort; luego llegaría a Huancayo y difundiría la insurrección hasta Huamanga y Huancavélica. Desde allí se comunicaría por Ica con la expedición de Miller a los puertos intermedios y amenazaría a Lima cerrándole las vías de acceso a la sierra. Si el ejército libertador se movía a Ica, combinarían las operaciones para cortar la retirada del adversario entre los dos núcleos; la expedición aumentaría sus contin-gentes con naturales de la región y formaría el cuadro de un ejército nacional peruano; en caso de contrastes, se retiraría por Cajatambo sobre Huarás.
Como se ve, San Martín planeaba operar con el grueso de sus tropas sobre Ica en combinación con Álvarez de Arenales, que lo haría desde la sierra; al año siguiente, cuando abandona el Perú, dejará ese mismo plan de campaña a Rudecindo Alvarado.
Álvarez de Arenales inició su marcha desde Huaura el 21 de abril y el 26 llegó a Oyón, donde se le reunió el coronel Gamarra con las tropas a su mando; el enemigo disponía en la región de unos 2.500 hombres y un contingente importante se había establecido en Pasco. Álvarez de Arenales se detuvo en Oyón a la espera de los granaderos a caballo que habían partido después y reinició la marcha a comienzos de mayo. Para entonces, Ricafort y Valdés se habían retirado, quedando el valle defendido solamente por Carratalá con su división. Los patriotas fueron en busca de los realistas, pero éstos no aceptaron el combate y se replegaron. El 11 de mayo los patriotas se posesionaron de Pasco y el 26 llegaron a Tarma, desde donde continuaron hacia Jauja sin hallar resistencia. Álvarez de Arenales extendió la ocupación del valle hasta Huancayo. Propuso a San Martín operar con todo el ejército en la sierra y trasladar el ejército emplazado en Huaura, donde el clima malsano causaba serios daños en las tropas; le proponía, además, operar sobre Cuzco y llegar al Desaguadero, y regresar por el mismo camino o por la costa, combinando los movimientos con los de Miller en los puertos intermedios. Pero el comandante en jefe no admitió el plan, pues su objetivo inmediato era la ocupación de Lima. El plan de Álvarez de Arenales era el más ajustado a la situación militar, pero para San Martín era importante el objetivo político de la ocupación de Lima y no disponía de fuerzas para comprometerlas en las dos empresas simultáneamente.
Cuando Álvarez de Arenales se disponía a atacar a Carratalá se produjo el armisticio de Punchauca y se contentó entonces con reorganizar sus fuerzas y concentrarlas en Jauja.
Finalizado el plazo de la suspensión de las hostilidades, recibió Álvarez de Arenales noticias de que el virrey La Serna se proponía marchar sobre la sierra con dos columnas de 2.500 hombres cada una, para atacarlo desde Huancavélica y la quebrada de San Mateo; volvió a escribir a San Martín para que desplazase el teatro de operaciones a las provincias andinas, advirtiéndole que de no ser así tendría que retirarse por Pasco, Oyón o Canta, o bien impedir la reunión del enemigo dirigiéndose a Huancavélica para atacar a la primera fuerza enemiga que se aproximase a esa localidad. En espera de la respuesta del comandante en jefe, salió al encuentro de la división realista que mandaba Canterac; disponía de 4.000 hombres, bien equipados, y se situó en Huancayo el 11 de julio.
Canterac, después de una marcha penosa en que perdió muchos hombres y cabalgaduras, quedó reducido a 1.500 hombres; cruzó la cordillera y se dirigió a Huancavélica ignorando la posición del adversario. Estaba pronto Álvarez de Arenales para atacar a Canterac, contando con la superioridad de sus efectivos, cuando San Martín le comunicó la evacuación de Lima, recomendándole que no se comprometiese en acciones decisivas sino en el caso de tener seguridad de vencer; en caso contrario, procuraría replegarse hacia la capital por Pasco o por la quebrada de San Mateo.
Canterac, después de una marcha penosa en que perdió muchos hombres y cabalgaduras, quedó reducido a 1.500 hombres; cruzó la cordillera y se dirigió a Huancavélica ignorando la posición del adversario. Estaba pronto Álvarez de Arenales para atacar a Canterac, contando con la superioridad de sus efectivos, cuando San Martín le comunicó la evacuación de Lima, recomendándole que no se comprometiese en acciones decisivas sino en el caso de tener seguridad de vencer; en caso contrario, procuraría replegarse hacia la capital por Pasco o por la quebrada de San Mateo.
Álvarez de Arenales se desorientó; ignoraba por dónde avanzaba la otra columna realista y temió que pudiese tomar a sus tropas por la espalda mientras se comprometía en la acción contra la división de Canterac; en esa situación, decidió detener la marcha y renunciar al avance sobre Huancavélica.
Esa interpretación errónea de las instrucciones, que no le impedían combatir cuando tuviese la seguridad de vencer, impidió a Álvarez de Arenales un triunfo importante sobre Canterac. Retrocedió a Jauja, a donde llegó el 19 de julio; volvió a escribir desde allí a San Martín sobre la desventaja del abandono de la sierra al enemigo y haciéndole notar la desmoralización que eso causaría en los habitantes de la -sierra y en los contingentes reclutados en ella, que se negarían probablemente a seguirle en la retirada. Antes de ° remitir esa nota le llegaron nuevas co-municaciones del cuartel general en las que se le reiteraban las prevenciones anteriores, indicándole los caminos por dónde podía replegarse.
Esas comunicaciones fueron interpretadas como una orden de retirada y la inició efectivamente; cuando ya había franqueado la cordillera, San Martín —envió nuevas ins-trucciones para que se mantuviese en la sierra, prometiéndole el pronto envío de refuerzos; pero ya era tarde. Los realistas se habían aprovechado de la retirada de Alvarez de Arenales y ocuparon el valle que los patriotas acababan de evacuar. Los contingentes reclutados en la sierra desertaron. San Martín entonces ordenó el repliegue de la división, pues ya no se podía enmendar el error cometido.
La segunda campaña de Alvarez de Arenales en la sierra resultó así un nuevo esfuerzo estéril. La región estratégica más importante para la continuación de la guerra pasó nuevamente a manos del enemigo.