Cuando todo parecía estar tranquilo, han comenzado nuevamente los problemas. No se trata de conflictos entre las provincias sino de la amenaza que supone la Confederación Peruano-Boliviana, sobre todo por los muchos exiliados unitarios que se encuentran refugiados en el país vecino. Además, corren fuertes rumores de una posible y próxima invasión a Salta y Jujuy con la finalidad de incorporar a esas provincias a Bolivia, y es cierto es que desde los años de la revolución ese temor ha existido porque muchos ciudadanos importantes de ambas ciudades han mantenido y mantienen estrechas relaciones en Bolivia por razones familiares y comerciales y muchos de ellos se encuentran allá refugiados.
El 13 de febrero, Juan Manuel de Rosas cierra toda comunicación entre el territorio rioplatense, y el de la Confederación Peruano-Boliviana, unida desde febrero de 1836 bajo el mandato del mariscal Andrés de Santa Cruz (presidente de Bolivia desde 1829 y Supremo Protector de la Confederación Peruano-Boliviana desde 1836).
Rosas ha rechazado al agente de negocios que envió Bolivia a Buenos Aires y el gobierno de Salta ha prohibido la introducción de ganado a Bolivia. Alejandro Heredia comenzó a organizar un ejército y puso en alerta a los cuerpos de milicias de Salta y Jujuy, porque se avecinan nuevas dificultades.
Esta medida no sólo provocó disgusto en el pueblo boliviano sino también en los de las provincias del Noreste argentino, económicamente conectadas desde los tiempos de la colonia y obviamente contrarias a declararle la guerra a su vecino y socio. El 16 de mayo, Rosas designa al caudillo tucumano Alejandro Heredia "general en gefe del Ejército Argentino Confederado de Operaciones contra el tirano Santa Cruz", y tres días después le declara la guerra acusándolo de interferir en los asuntos internos de la Confederación y poner en peligro con su conducta el balance de poder en el Cono Sur.
El mariscal Andrés Santa Cruz presidente de Bolivia en 1829-1839 y Protector de la Confederación Peruano-Boliviana en 1836-1839, apoyaba a los adversarios de Rosas y se había apoderado de la provincia de Tarija. Rosas le declaró la guerra y dejó en manos de las provincias norteñas la lucha militar. Alejandro Heredia, en Tucumán, y Felipe Heredia, en Salta, afrontaron la situación.
Éste es exactamente el mismo argumento que usa el gobierno chileno de José Joaquín Prieto para declararle la guerra al mariscal Santa Cruz en noviembre del año anterior. Aunque en un primer momento Rosas exige condiciones inaceptables para Prieto como moneda de cambio de su alianza en contra del jefe peruano-boliviano (la restitución del territorio boliviano de Tarija: el pago por los gastos realizados en favor de la independencia de Bolivia, y la no firma de tratados por separado entre Buenos Aires y Santiago de Chile), y el año 1836 se cierra sin un tratado de alianza, 1837 encuentra a los gobiernos de Rosas y Prieto pactando un matrimonio de mutua conveniencia frente al enemigo común. Rosas tiene poderosas razones para declararle la guerra a Santa Cruz, pues éste apoya las intrigas de los unitarios antirosistas exiliados en Bolivia, y el Restaurador teme que este apoyo termine en la unión de las provincias del Noroeste argentino al Estado binacional peruano-boliviano. Prieto, igualmente temeroso de que el Estado binacional liderado por Santa Cruz altere un balance de poder en el Cono Sur favorable a un Chile políticamente estable desde el fin de la guerra civil en 1830 y económicamente próspero con materiales minerales que encuentran mercado en Europa y una marina mercante que fortalece la presencia chilena en las costas del Pacífico, necesita que Rosas hostigue a Santa Cruz en la frontera con Bolivia para que su segunda expedición militar tenga chances de éxito.
La guerra tiene dos periodos diferentes: el primero, claramente desfavorable para las provincias del Noroeste de la Confederación Argentina, con pocos recursos propios para enfrentar a las fuerzas de Santa Cruz sin la ayuda esperada ni de las provincias Cuyanas, más cercanas económica y militarmente a Santiago que a Buenos Aires pero no dispuestas a traducir esa cercanía en un compromiso militar que ponga en peligro la vida económica; ni de las litoraleñas ni de propia Buenos Aires, ambas más interesan en la Banda Oriental que en la frontera jujeño-boliviana.
La delicada situación económica de las provincias norteñas se agrava por el bloqueo francés al Río de la Plata (1838-1890) y la escasa suerte militar de Heredia ante las fuerzas bolivianas.
En carta del 11 de mayo de 1838, el gobernador delegado de Salta, Evaristo de Uriburu, dice a Heredia: "En 'Tucuman están muy indignados con la conducta del señor Rosas por el abandono que á echo de nosotros: aquí no deja de sentirse el mismo disgusto, que como dije a usted personalmente que algunos se habían animado a manifestármelo”.
Cinco días después, le reitera que “los pueblos todos de la República decean la paz, y la necesitan, y muy particularmente estas provincias a quienes les hemos sacado la Save ud. que la guerra que hemos sostenido no ha sido muy popular, y entre los milagros que hemos écho son el de sin querer haver écho coperar á todos tal ves contra su voluntad”. El mismo Heredia, entusiasta inicial de la guerra , reconoce ante Rosas el fracaso de su proyecto de invadir Bolivia: “El infrascripto general en gefe reitera nuevamente al excelentísimo gobernador de Buenos Aires encargado por la Republica de las relaciones exteriores que el Ejercito de Operaciones sin más recursos que los que tiene, y sin que todas las provincias tomen una parte activa en la honrosa lucha en que está empeñada aquella contribuyendo con un contingente de tropas que engrosen las filas de este, es materialmente imposible y contra todo calculo militar el poder invadir Bolivia, si no es poniéndose aun contraste que comprometa el honor nacional y envuelva á las provincias del Norte a una ruina espantosa”.
La segunda etapa de la guerra se inclina en favor de Chile, que derrota a su enemigo en la decisiva batalla de Yungay el 20 de enero de 1839. Yungay aborta el intento boliviano de días antes de firmar a espaldas de Rosas un acuerdo con los gobernadores de Salta, Jujuy y Tucumán, extensible a los de Santiago del Estero, la Rioja y Catamarca, y constituye a corto plazo una nueva victoria política rosista sobre sus enemigos.
A Mediano plazo, no obstante, la muerte de la unión peruano-boliviana, Yungay no impide que Bolivia Siga siendo un foco de conspiración antirrosista.