Con autorización del gobierno nacional, el gobierno de Santiago del Estero puso en movimiento un ejército que llamó del Norte, a base de guardias nacionales de las provincias de Santiago, Tucumán, y también con contingentes de Catamarca y La Rioja.
En marzo de 1867, esas fuerzas, al mando del general Rojo, emprendieron la marcha por Catamarca hacia La Rioja, en combinación con el ejército del interior al mando de Paunero, con el objetivo de perseguir y dispersar allí a cualquier fuerza enemiga, comandada por Felipe Varela. Varela había nacido en Huycama, Valle Viejo, Catamarca, en 1821. Luchó en la coalición del Norte en las filas unitarias, y pasó luego de la derrota a Chile. Volvió al país después de la caída de Rosas y se incorporó a las fuerzas de Peñaloza; en 1855 revistaba como teniente coronel en el regimiento de línea mandado por Manuel Baigorria; participó en la batalla de Pavón en las tropas de la Confederación y, cuando se sublevó el Chacho en 1862, se reunió con él y fue designado jefe de policía de La Rioja; invadió Catamarca y fue derrotado por Víctor Maubecín y luego por Taboada. Participó en el combate de Las Playas, Córdoba, y en el de Lomas Blancas, La Rioja, junto a Peñaloza.
Después de la muerte de éste se refugió en Entre Ríos, junto a Ricardo López Jordán, y no habría sido extraño al desbande de las fuerzas entrerianas reunidas en Basualdo para intervenir en la guerra del Paraguay.
Después emigró a Chile; donde hizo activa propaganda contra Mitre y logró reunir un contingente de lucha y armas y organizó con ellos una cruzada libertadora.
Bajo la dirección del coronel Felipe Varela, que había llegado de Chile con armas y hombres, se agruparon los caudillos departamentales de San Juan, La Rioja y Catamarca; con ellos se apoderó de la provincia de La Rioja y extendió su dominio hacia el norte. Ya había vencido el 2 de enero en Guandacol al comandante Linares y el 4 de marzo batió a Melitón Córdoba en Tinogasta, Catamarca. Esos acontecimientos movieron a las fuerzas legales de Santiago sobre Catamarca; Manuel Taboada salió a fines de febrero hacia Choy y su hermano debía reunirse con él en Ojo de Agua.
La situación era realmente peligrosa para el gobierno de Mitre, que estaba personalmente al mando de los ejércitos aliados en el Paraguay. Debió regresar a Rosario para organizar los ejércitos con que hacerles frente, al frente de los cuales colocó a José Miguel Arredondo, Wenceslao Paunero — vueltos del Paraguay — y Antonino Taboada, hermano del gobernador de Santiago del Estero.
Cuando Varela fue informado del avance del ejército del Norte, concentró sus fuerzas (al mando de Medina, Chumbita, Alvarez, Elizondo, Angel, etc.) en Chilecito, y pasó a la ofensiva, pasando por Los Sauces y por Mazán, con intención de penetrar en Catamarca por la quebrada de Sévila; pero como el enemigo se apoderó de La Rioja, se dirigió al Salado y el 9 de abril intimó a Taboada para que saliese de la ciudad a combatir. Taboada no quiso presentarse en campo abierto y se situó en los alrededores de la ciudad, en el lugar denominado Pozo de Vargas. El 10 de abril de 1867 se produjo el encuentro de los adversarios; el ejército de Varela sumaba unos 4.000 hombres; el de Taboada contaba con unos 2.100. Se luchó encarnizadamente; seis veces renovaron sus cargas Elizondo y Chumbita, y otras tantas fueron rechazados por la infantería del ejército del norte. Más de dos horas duró la lucha y los rebeldes fueron totalmente destrozados y sus restos perseguidos hasta el anochecer. Quedaron en el campo de batalla muchos muertos, prisioneros, dos cañones, fusiles, municiones, etc., de los rebeldes. Nuevamente la infantería disciplinada logra dar cuenta de la preponderancia de la caballería enemiga. La batalla de Pozo de Vargas pacificó el noroeste del país, como la de San Ignacio aquietó las provincias del centro y Cuyo.
Las sublevaciones, sin embargo, no cesaron; después de Pozo de Vargas, los rebeldes vencidos se reorganizaron en el departamento de Jáchal y se produjeron nuevas sublevaciones, como las acaudilladas en Catamarca por Nieves Rosales y en el sur de Mendoza por Pedro Pérez.
Una columna nacional de 400 hombres al mando de M. Charras, derrotó a un contingente de Varela de 700 hombres en Dusito o Ciénaga Redonda, en Vinchina (La Rioja) el 5 de junio. Pero el 16 del mismo mes, Varela sorprendió en la cuesta de Miranda a una fracción de las tropas de Linares y la derrotó; a su vez Vareta sufrió un contraste en la cuesta de Chilecito, el 7 de julio, atacado por el comandante J. Maldonado. Unos días antes, el 28 de mayo, el coronel Segovia derrotó a las fuerzas de Pérez en Polanco, al sur de Mendoza.
Los rebeldes no cejaron en su resistencia e invadieron nuevamente el norte de La Rioja. Fuerzas al mando de Arredondo batieron a Agüero y Nieves Rosales en Saujil, Catamarca, el 5 de agosto; los vencidos siguieron rumbo al norte para penetrar en Antofagasta, entonces de Bolivia, con más de 1.000 hombres, contra los cuales el general Navarro no disponía de fuerzas para cerrarles el paso.
Felipe Varela dirigía y coordinaba desde La Rioja todos los movimientos revolucionarios. El 4 de marzo de 1867 sus tropas vencieron en la batalla de Tinogasta. Después de este combate, Varela, que se encontraba rumbo al Norte, contramarcha a La Rioja, donde se desencadenará la batalla de Pozo de Vargas. En esta acción, llevada a cabo el 10 de abril de 1867 las tropas federales son derrotadas por el general Antonino Taboada. Varela penetró en Catamarca y luego pasó a Salta, ocupando los valles Calchaquíes, obteniendo una victoria en Amaicha, el 29 de agosto, contra las tropas salteñas mandadas por el coronel Pedro José Frías. Este triunfo coloca a Varela como dueño de los valles, a la vez que origina un revuelo en la ciudad. El gobernador salteño Sixto Ovejero recriminó a Frías por la derrota atribuyéndola a su cobardía, mientras éste exageraba el número de enemigos para justificarse.
No tardó Felipe Varela en organizar, desde Bolivia, una invasión a Salta por los Valles Calchaquíes, en la segunda quincena de agosto de 1867. Batió al coronel Pedro José Frías en Rincón de Amaicha, a 120 km al suroeste de la ciudad de Salta, el 29 de agosto; volvió a vencer a las tropas salteñas en el valle del Molino; los prisioneros tomados fueron incorporados a las filas rebeldes, que sumaron así 1.300 hombres. Contando con el dominio de los Valles Calchaquíes, los varelistas se dirigieron a Salta.
El ejército del Norte, que había sido licenciado, fue movilizado nuevamente, y el general Antonino Taboada ordenó al general Navarro que se dirigiese a los Valles Calchaquíes con los elementos de las provincias de Catamarca y Salta que pudiese reunir, requiriendo si era ne-cesaria la cooperación del general Arredondo, que se encontraba en La Rioja. Por su parte, Taboada avanzaría desde Tucumán en dirección a Salta, combinando sus movimientos con los de Navarro.
Varela y Elizondo combinaron en Yuracatao un plan de ataque a la ciudad de Salta, lugar que el gobernador había ya abandonado. La ciudad fue defendida por 250 guardias nacionales atrincherados; el 10 de octubre la ciudad fue ocupada. Pero al aproximarse el general Navarro los vencedores se replegaron el mismo día en dirección a Jujuy.
Navarro emprendió la persecución con su infantería agotada por las largas marchas; no fue posible impedir la captura de Jujuy; no obstante, la persecución obligó a los invasores a refugiarse en Bolivia, donde fueron desarmados por las autoridades de ese país el 5 de noviembre de 1867.
El ejército del norte dejó algunos destacamentos en la frontera con Bolivia y Chile y fue nuevamente disuelto; el ejército del interior terminó también la pacificación en Cuyo y regresó a Río Cuarto.
Volvió Varela con un pequeño contingente a Salta y fue derrotado en Pastos Grandes el 12 de enero del 1869 por el coronel Pedro Corvalán; murió en Chile en 1870.
La presión de los movimientos de los opositores a la guerra del Paraguay y al gobierno nacional de Mitre, distrajeron muchas fuerzas de las operaciones de la guerra contra Francisco Solano López; no había sido general la operación de policía preventiva que aconsejaba Mitre, sino que fue una campaña en regla en que abundaron los hechos sangrientos y las represalias, incluso contra vencidos y prisioneros. Todo ello produjo un avivamiento de la hostilidad y del odio.
Antonino Taboada vencio a Felipe Vareal en la épica batalla de Pozo de Vargas, en una sangrienta victoria del ejército nacional sobre la última gran montonera del interior, luego hizo elegir gobernador de La Rioja a un Dávila, miembro de la única familia verdaderamente unitaria de la provincia. Por segunda vez salió de La Rioja arreando todas las vacas que encontró, mientras sus soldados se llevaban toda la ropa, el dinero y las alhajas que encontraron en las casas riojanas. Durante su ausencia había sido nombrado gobernador de Santiago, pero tampoco esta vez quiso asumir el gobierno. Aceptó en cambio el nombramiento de interventor federal en Catamarca. Fue candidato a vicepresidente de la lista oficialista, liderada por Rufino de Elizalde, pero renunció, con lo cual se salvó de ser derrotado por tercera vez en una candidatura a vicepresidente. En su lugar fue derrotado Wenceslao Paunero.