Los caudillos

El general Paunero, desde Córdoba, destacó al general Arredondo para reprimir los movimientos de descontento de los caudillos en La Rioja, Catamarca y las provincias de Cuyo. Juan Sáa huyó en derrota al aproximarse las tropas de Buenos Aires y pasó la cordillera para buscar refugio en Chile, lo mismo que el gobierno de Mendoza.

El coronel Iseas fue enviado a San Luis y causó un serio contraste a la rebelión el 3 de abril cerca de Río Quinto, en Charanal Negro; pero los descontentos no se dieron por vencidos y volvieron en varias oportunidades a hacerse presentes en movimientos subversivos. 

El Chacho Peñaloza

Los intentos de protesta contra el predominio de Buenos Aires tuvieron por cabeza y por bandera al general Ángel Vicente Peñaloza, el Chacho había combatido junto con Lavalle y disfrutaba de una popularidad y un prestigio enormes. Durante la batalla de Pavon el Chacho había mandado una división del ejército en el Centro de la batalla de Pavón , una vez derrotada la Confederación, siguió luchando contra los vencedores , tomando como  campo de acción abarcó varias provincias, y cuando la superioridad militar lo abatía en una provincia, reaparecía en otra con huestes fieles. 

Paunero quiso negociar con él para que depusiera las armas, valiéndose de varios comisiona-dos, pero no logró ningún resultado efectivo, reanudando la lucha al poco tiempo

Peñaloza  fue batido completamente por el coronel Sandes el 19 de marzo, pero el Cacho no tardó en reponerse del desastre y en reunir un millar de combatientes con los que presentó batalla al coronel Iseas y le arrebató la caballería. 

En la segunda mitad de abril se dirigió a San Luis y atacó la ciudad con más de 1.500 hombres; el gobierno se puso en salvo y el saqueo de la ciudad fue evitado, pero quedó sitiada. Los sitiadores permanecían en sus alrededores y, como sus recursos disminuyesen, Peñaloza firmó un convenio por el que se comprometía a suspender las hostilidades, alejándose a veinte leguas, donde esperaría a que el gobierno de San Luis obtuviese del general Mitre una amnistía.

Se le entregaron reses para el consumo de las tropas y el 30 de mayo se firmó el tratado de paz de La Banderita, pero no se cumplió, pues el Chacho, impulsado por los pueblos, no tardó en hallarse nuevamente en rebeldía, y el gobierno no se avino tampoco a cumplir lo pactado.

En Las Playas, suburbios de Córdoba, las fuerzas provincianas que mandaba Peñaloza tuvieron 300 muertos y 40 heridos, y las nacionales 14 muertos y 20 heridos; todavía al día siguiente de la batalla un sargento mayor fusiló por orden de Paunero a un coronel prisionero.

Del estado de la zona de influencia de Peñaloza, escribió el coronel Ignacio Rivas a Sarmiento:

"Este país, con rarísimas excepciones, es nuestro enemigo; ni se nos presenta un solo hombre ni encontramos a nadie; el que no está con Peñaloza anda huyendo por las sierras y bosques; no hay un solo caballo que tomar."

Mitre había dado instrucciones a Sarmiento para que se hiciese en La Rioja, no una guerra regular, con carácter de guerra civil, sino una simple guerra de policía contra los rebeldes; pero Sarmiento, que fue designado director de la guerra, extremó los procedimientos de lucha.

Peñaloza fue batido en Las Playas, Salinas de Moreno, en Caucete y Bajo del Gigante. Finalmente se retiró a Olta, donde fue hallado y muerto el 22 de noviembre de 1863, después de haberse entregado prisionero, por el mayor del ejército nacional Pablo Irrazábal, que hizo clavar su cabeza en una lanza. Sarmiento, que tuvo el desacierto de aplaudir el procedimiento, fue objeto de críticas y acusaciones de Guillermo Rawson, José Hernández y muchos otros.

Con fecha 25 de noviembre, el presidente Mitre, en nota refrendada por su ministro de guerra y marina, condenó el hecho diciendo que "su vida (la del Chacho), después de pasado el combate y constituido en calidad de prisionero, sólo correspondía a la justicia y a las autoridades que por la Constitución están encargadas de hacerla efectiva". El mayor Irrazábal tuvo que pedir la baja del ejército y su retiro efectivo.

La pacificación se hizo a cambio de excesos como los de Ambrosio Sandes e Iseas. Pero la herencia de las montoneras federales estaba todavía muy reciente en unos y otros para ser olvidada. El propio Mitre censuró el modo bárbaro con que se ha hecho la guerra (carta a Marcos Paz del 10 de abril) ; en Tucumán se levantaron contribuciones forzosas y opinó .que debían ser cortados "tales actos de verdadero bandidaje que más que a nuestros enemigos nos deshonran a nosotros mismos que nos llamamos partidarios de la libertad y de la civilización".

El periodista y ex diputado al congreso Ramón Gil Navarro fue objeto de toda clase de vejaciones por las tropas de Arredondo y, después de ser colgado y sufrir diversas torturas, fue obligado a servir como soldado de línea.

Uno de los gestores de la acción militar en Catamarca contra Octaviano Navarro y contra la sombra amenazante de Ángel Vicente Peñaloza, fue el obispo San Gabriel. La mediación de Marcos Paz restableció la buena armonía de Catamarca, Santiago del Estero y Tucumán, aunque no por mucho tiempo.