Correspondía ahora al gobernador de Buenos Aires y encargado del poder ejecutivo nacional convocar a elecciones para constituir el futuro Congreso nacional, que habría de reunirse el 25 de mayo; las circulares correspondientes partieron para las provincias el 15 de marzo de 1862.
La tesorería de Buenos Aires adelantaría a la Nación los fondos para el viático y la dieta de los futuros congresales. Fueron electos senadores, Pastor Obligado, José Mármol, Manuel Quintana, J. B. Gorostiaga, Martín Ruiz Moreno, Juan E. Torrent, Nicasio Oroño, Valentin Alsina, Rufino de Elizalde, Dalmacio Vélez Sarsfield, Juan Madariaga, Salvador María del Carril, Guillermo Rawon, Marcos Paz, José Evaristo Uriburu; resultaron electos diputados Nicanor Albarellos, Blanco Cabral, José María Cantilo, Castro del Río, Francisco de Elizalde, Próspero García, José Benjamín y Luciano Gorostiaga, Agustín José de la Vega, Joaquín Granel, Montes de Oca, Antonio G. Obligado, Arístides Villanueva, Zabaleta, etcétera.
El decreto tenía el siguiente texto:
"Teniendo en vista la necesidad y conveniencia de proceder cuanto antes a la elección y apertura del Congreso nacional legislativo, que debe organizar los demás poderes nacionales que han de regir la República en lo sucesivo; usando de la autorización conferida al efecto por las provincias de Buenos Aires, Santa Fe, Corrientes, Entre Ríos, Córdoba, Tucumán y La Rioja, Santiago, Catamarca, San Juan y San Luis, y habiendo invitado con el mismo fin a las de Mendoza, Salta y Jujuy, que, por justificados inconvenientes, no han podido otorgar aún aquella autorización, y que han manifestado, no obstante, su voluntad de hacerlo, así que tuviese lugar una reunión de sus respectivas legislaturas, ha acordado y decreta:
Art. 1º: Con arreglo a la Constitución reformada en 1860, y a las demás leyes vigentes de la materia, procédase a la elección de senadores y diputados que deben integrar el Congreso nacional.
Art. 2º: Designase para verificar dicha elección los días 12, 13 y 14 del entrante abril, debiendo transferirse a los más inmediatos en las provincias que no hubiesen podido practicarla en los primeros por inconvenientes insuperables.
Art. 3º: La solemne apertura del Congreso nacional tendrá lugar el 25 de mayo próximo venidero en la ciudad de Buenos Aires y en el local que se designará oportunamente al efecto."
Gabinete del presidente Mitre, con Gelly y Obes en Guerra , Lucas Gonzalez en hacienda, Guillermo Rawson en interior , Eduardo Costa en Justicia , Rufino de Elizalde en relaciones exteriores . Composición realizada por H. Meyer
Mientras se reunía el Congreso, fueron inauguradas las obras del tramo ferroviario a San Fernando; y se dio impulso a la organización de servicios de diligencias para unir los centros de población más importantes del país con Buenos Aires, con la colaboración de Timoteo Gordillo. Esos servicios de mensajerías y diligencias que llevaban nombres evocativos, "La favorecida", "La brisa del desierto", "La protegida", "Los peninsulares", etc., fueron también un elemento de lucha contra el desierto, el mal denunciado desde hacía muchos años por Alberdi y Sarmiento.
Las elecciones se realizaron en las fechas establecidas y transcurrieron pacíficamente, fuera de un incidente en Córdoba, promovido por el gobernador, lo cual llevó al rechazo de los diputados electos; la gravitación del partido liberal fue la consecuencia natural de Pavón y dio el dominio absoluto en el Congreso, aunque el liberalismo estaba muy lejos de una cohesión y de una unidad de miras y de tácticas, como se vio en la actitud ante el proyecto de capitalización de Buenos Aires.
El congreso inaugurado el 25 de mayo de 1862 fue el primer Congreso de la Argentina reunida, la segregación de Buenos Aires había retardado el reencuentro del país en una plataforma común, que no volvió a ponerse en tela de juicio en lo sucesivo.
Pastor Obligado, que se había alejado del gobierno de la provincia en divergencia con Mitre, fue elegido presidente del Congreso, y Marcos Paz, presidente del Senado; Paz renunció al cargo y fue reemplazado el 5 de octubre por Valentin Alsina. Medio siglo de luchas civiles había quedado atrás.
Mitre se dirigió a la Asamblea:
"En el instante en que los poderes públicos se disolvían y en que la manifestación material de la unidad argentina se borraba, por decirlo así, era necesario pensar y decidir que ese eclipse era transitorio y que esa disolución aparente era una verdadera labor de regeneración de la que la República surgiría, en breve, fuerte, compacta y libre, reposando en las conquistas laboriosas de su pasado, en la lisonjera realidad de su presente y en las grandes promesas de su porvenir.
La reorganización de la República sobre la base de la moral, de la libertad y de la Constitución reformada, ha sido la bandera que reunió todas las voluntades en torno suyo al día siguiente de la lucha. Ella ha evitado el profundo peligro que encierran casi siempre las épocas de transición y ha mantenido indivisible la unidad nacional durante el período supremo a que hoy pone término la reunión de este congreso de los representantes del pueblo argentino.
Tal ha sido el programa que como jefe de los pueblos en armas oyeron de mis labios todas las provincias de la República, y tal ha sido el propósito que, como encargado del poder ejecutivo nacional de ella, he tratado de llevar a cabo..."
Saludó así a los representantes:
"En nombre de los pueblos que me han encomendado el noble encargo de presidir a vuestra convocatoria e instalación, en nombre del pueblo de Buenos Aires que tiene el honor de hospedaros en su seno, saludo en vosotros a los representantes de la soberanía argentina, reunidos en el amor de las grandes ideas, y no por el odio estéril que sólo preside a la destrucción. .."
El Congreso se reunió en el local de la legislatura provincial; aprobó la conducta de Mitre y declaró que había merecido bien de la patria por los servicios prestados.
El primer problema a que se vio abocado el Congreso fue la acefalía del poder ejecutivo nacional.
El Congreso aprobó la conducta del gobernador de Buenos Aires durante el desempeño de la autorización que le dieron las provincias. En la comunicación del Senado se lee:
"El congreso legislativo de la República se ha impuesto con el mayor cuidado del importante mensaje que V. E. ha tenido a bien dirigirle, y no ha podido dejar de inclinarse ante la Divina Providencia por la visible protección que le ha dispensado a la República y a V. E. para hacer salir la unidad argentina radiante y feliz, asegurada por el imperio de la moral, de la justicia y de la Constitución, de las ruinas y el caos que parecían hacerla imposible, cuando se disolvían los poderes públicos que la regían, al impulso poderoso del pueblo argentino".
Uno de los redactores de ese documento fue Salvador María del Carril, vicepresidente de la Confederación con Urquiza El Senado no convino en la aplicación del artículo 75 de la Constitución y propició la elección de un presidente provisional, resolviendo que el encargado del poder ejecutivo continuase ejerciendo las atribuciones anexas al cargo, hasta que el Congreso legislativo resolviera lo que correspondía. La Cámara de diputados fue de opinión que se debía proceder a la elección del funcionario que desempeñara la presidencia; pero como el único candidato era Mitre, consultado al respecto, no quiso admitir la primera magistratura sin estar investido de todas las atribuciones que competen al poder ejecutivo. El Congreso estableció que el gobernador de Buenos Aires ejercería las atribuciones anexas al poder ejecutivo hasta que el Congreso legislativo resolviera lo que correspondía. El Senado estuvo conforme, y Vélez Sarsfield sostuvo, como senador por Córdoba, que no se trataba de la elección de presidente provisional, sino de una mera comisión.