Al asumir Bartolomé Mitre el poder ejecutivo nacional quedo vacante el gobierno de la provincia de Buenos Aires siendo electo para la finalización del mandato Mariano Saavedra que era el hijo del primer presidente de la Junta de mayo Cornelio Saavedra
.Fue una elección feliz la de Mariano Saavedra como gobernador de Buenos Aires para completar el período de Mitre. Era hijo del presidente de la primera Junta de gobierno y había nacido en el Fuerte el 15 de agosto de 1810. Amigo personal de Mitre, procuró allanar todos los inconvenientes de la coexistencia de los dos gobiernos, el nacional y el provincial, en la misma ciudad. Había sido miembro de la municipalidad desde su creación en 1854, diputado y senador, convencional, y director y presidente del Banco de la Provincia de Buenos Aires durante dieciocho años. Se esforzó por secundar a Mitre en su obra de armonización y de unidad nacionales con una conducta prudente, contemporizadora, que no echó nunca leña al fuego de las discordias.
Modestamente realizó un gobierno progresista y desde julio de 1863 a agosto de 1865 fundó los siguientes pueblos, erigiendo en ellos los edificios públicos necesarios: Saladillo, Tapalqué, General Rodríguez, Mar Chiquita, Guardia Nacional, General Lavalle, General Las Heras, Suipacha, Moreno, Chacabuco, Ramallo, Castelli, Ayacucho, Balcarce, Necochea, Arenales y Rauch; creó diversos partidos y fijó los límites de muchos otros.
Completó su obra colonizadora con un impulso firme a las nuevas ideas ferroviarias. Negoció con una empresa británica la construcción del ferrocarril del Sur y en esa oportunidad se rehusó a transigir con las exigencias de los inversores acerca de los intereses que debían redituar los capitales aplicados a la nueva línea. Las líneas férreas del sur, oeste y norte comenzaron a cruzar el territorio de la provincia; pronto quedaron unidas con Buenos Aires poblaciones como Chascomús, Chivilcoy, Mercedes y Tigre. También se legisló sobre tierras públicas y colonización y se buscó el establecimiento de familias suizas en Sauce Grande y Río Negro, y respecto de las tierras en zonas de frontera se dispuso la distribución hasta una cuarta parte de su extensión.
Con una tónica de austeridad y de honradez administrativa, el gobierno de Mariano Saavedra encaró la conversión de la moneda, secundado por el ministro de hacienda Luis L. Domínguez; se fijó un tipo de cambio en relación con el oro (un peso fuerte de oro por cada 25 pesos papel), para amortizar emisiones anteriores; su plan consistía en suprimir para siempre las emisiones de papel moneda.
En el terreno cultural y educativo, Mariano Saavedra creó el consejo de instrucción pública, bajo la presidencia del ministro de gobierno; Mariano Acosta abrió un departamento de ciencias exactas con profesores contratados en Europa, y fueron sancionados los estatutos de la escuela normal de preceptores que había redactado Luis J. de la Peña. En mayo de 1866 asumió el poder Adolfo Alsina, hijo de Valentin Alsina y nieto de Manuel Vicente Maza.
Cuando Bartolomé Mitre fue electo presidente, Mariano Saavedra fue nombrado gobernador de la provincia. Fue reelecto para el mismo cargo en mayo de 1863.
Sus ministros fueron Mariano Acosta (después gobernador y vicepresidente) y Luis Domínguez. Durante su mandato se fundaron una docena de pueblos, la mayor parte de ellos solamente en el papel: General Lavalle, General Rodríguez, Chacabuco, Lincoln, Lobería, Nueve de Julio, Saladillo, Tapalqué, Tres Arroyos, y Castelli. Hizo formar un Registro Gráfico de las Propiedades Rurales de Buenos Aires, y fijó los límites de casi todos los 45 partidos de la provincia.
Fundó y organizó la colonia agrícola de Chivilcoy, la única que llegaría a tener importancia en la provincia, en contraste con las que se fundaron en Santa Fe y el sur de Córdoba, y fijó el procedimiento para acceder a títulos en los ejidos de los pueblos de la provincia. Contrató la construcción del Ferrocarril del Sur (estatal), llevó el Ferrocarril Oeste hasta Chivilcoy y el Ferrocarril Norte hasta Tigre. Declaró el regreso a la convertibilidad del papel moneda provincial (que se había declarado inconvertible a moneda metálica durante cada una de las guerras de Buenos Aires contra la Confederación Argentina y que volvería a serlo en 1866). Organizó las finanzas provinciales merced al Pacto de San José de Flores, que garantía a la provincia el presupuesto de 1859 a ser pagado por el Tesoro Nacional. En toda su carrera fue un fiel aliado de Mitre, pero se esforzó por mantenerse equidistante de los dos partidos que se habían formado en la provincia: el autonomista, liderado por Adolfo Alsina, y el nacionalista, cuyo jefe era Mitre. Organizó las elecciones a gobernador de 1866 y se negó a favorecer a su amigo Mitre, con lo que éstas fueron ganadas por Alsina.