Siete veces intervino el gobierno nacional las provincias durante la administración de Mitre, después de la campaña de pacificación y de afianzamiento de gobiernos adictos que siguió a la batalla de Pavón.
La primera de ellas fue decretada el 18 de marzo de 1865 a raíz de la revolución que se produjo en Córdoba el 2 del mismo mes; el gobernador Roque Ferreyra logró dominar la subversión, pero el ambiente quedó inseguro después de la represión sangrienta, que contó entre sus víctimas al ex gobernador Justiniano Posse, asesinado en la calle por un grupo de guardiacárceles. Fue designado interventor el ministro del interior, Guillermo Rawson, que regresó a Buenos Aires sin haber dado término a su cometido, pues entretanto se produjo la guerra del Paraguay.
En agosto de 1867 volvió Córdoba a ser intervenida a consecuencia de un levantamiento contra el gobernador Mateo Luque; decretada la intervención, se envió a Córdoba una división del ejército al mando del general Emilio Conesa, designado comisionado. El gobernador Luque fue repuesto en el gobierno y el orden quedó restablecido sin violencias.
En julio de 1866 fue derrocado el gobernador de Catamarca, Víctor Maubecin, y el poder ejecutivo nacional decretó la intervención. El comisionado federal Plácido de Bustamante, senador, llegó a Catamarca cuando el conflicto estaba ya casi superado; después de haber tomado algunas decisiones que no fueron aprobadas por el gobierno nacional, renunció al cargo, siendo reemplazado por el general Antonino Taboada, que terminó su misión durante la presidencia de Sarmiento.
En noviembre de 1867, un alzamiento derrocó al gobernador de La Rioja, Cesáreo Dávila; éste pidió la intervención federal y fue decretada por el vicepresidente Paz, nombrando comisionado federal al doctor José Manuel Lafuente; se convocó a elecciones de gobernador y resultó electo Vicente Gómez.
El 25 de diciembre de 1867 se produjo en Santa Fe un movimiento revolucionario que declaró depuesto al gobernador Nicasio Oroño; el gobierno nacional decretó de inmediato la intervención y fue designado para cumplirla el doctor Francisco Pico. Las autoridades legales fueron repuestas, pero como los disidentes rehusaban obediencia a las autoridades civiles, intervino el ministro Eduardo Costa, que logró un acuerdo de las partes; Costa dio término a su misión en Santa Fe el 28 de marzo de 1868.
La última intervención del gobierno de Mitre fue la enviada a Corrientes para contener a Nicanor Cáceres, que defendía al gobernador depuesto Evaristo López y pretendía ejercer el gobierno de la provincia; una división de ejército retirada del frente de operaciones del Paraguay, a las órdenes del general Emilio Mitre, logró la pacificación, pero ya en el gobierno de Sarmiento, con la mediación de Luis Vélez y la elección del nuevo gobernador, José Miguel Guastavino.
En total fueron intervenidas seis provincias durante la gestión presidencial de Mitre, a pesar de que, entre 1862 y 1868, según expresó Nicasio Oroño en el Senado, hubo 117 intentos revolucionarios y murieron 4.728 ciudadanos en 91 combates.