Mientras proseguían las costosas operaciones de la guerra en el Paraguay y mientras se realizaba la pacificación de las provincias disidentes, no se dejaba en segundo plano la cuestión de la sucesión presidencial.
Surgieron espontáneamente varios candidatos dentro de las filas del partido liberal escindido en mitristas y alsinistas: Rufino de Elizalde, ministro de relaciones exteriores; Guillermo Rawson, ministro del interior; Adolfo Alsina, gobernador de la provincia de Buenos Aires. Elizalde contaba con la amistad de Mitre; Alsina con la adhesión de las masas populares porteñas. La prensa intervino con pasión. El diario de los Varela, La Tribuna, sostenía al comienzo a Rawson, pero luego se volvió en favor de Sarmiento lo mismo que El Nacional. En favor de Elizalde combatió con moderación La Nación Argentina, de los Gutiérrez, en la que Mitre tenía influencia decisiva; La República, de Bilbao, propagó la candidatura de Urquiza; El Mosquito, muy popular, cuyas caricaturas hacen burla de los unos y los otros, se inclina a Mitre.
Para la vicepresidencia circulaban los nombres de Wenceslao Paunero y Manuel Taboada, este último gobernador de Santiago del Estero. Repentinamente aparece el nombre de Sarmiento para el primer término en la fórmula presidencial y el de Adolfo Alsina para el segundo. Mitre se mantuvo prescindente y no quiso poner en juego su influencia en favor de Elizalde, cuyo triunfo deseaba.
Los Taboada estaban interesados en llevar a la presidencia y vicepresidencia del país a hombres dignos. Antonino Taboada escribía el 28 de noviembre de 1867:
"Eliminando la candidatura de mi hermano Manuel, quien me consta que no aceptará tamaño honor, nosotros nos adherimos a la que presente ideas nacionalistas más bien definidas y que, dándonos garantías de paz, nos de a la vez también las de respeto a la soberanía de los Estados... Jamás aceptaremos una candidatura que tenga por base hechos de aquella naturaleza; pues la bandera que con ella se levantaría sería la de la guerra civil, y lo que los pueblos necesitan y anhelan es paz y respeto a la independencia provincial ..."
Desinteligencias producidas en el gobierno entre el vicepresidente y sus ministros en setiembre de 1867, llevaron a la renuncia de los ministros de relaciones exteriores e instrucción pública, Elizalde y Eduardo Costa; en su lugar fueron designados Marcelino Ugarte y José Evaristo Uriburu.
José María Gutiérrez, uno de los redactores de La Nación Argentina, que contaba con el apoyo de Mitre, le había pedido una intervención activa en el asunto de la futura elección. Mitre respondió el 28 de noviembre de 1867 desde el cuartel general en Tuyú Cué. Gutiérrez le hablaba en sus cartas de la elección y las candidaturas para presidente; le hacía saber que Elizalde, y no otro, era su candidato y que rechazaba la candidatura de Sarmiento.
A causa de la guerra de Paraguay y de la hostilidad abierta de sectores importantes de la población de las provincias, la situación política interna del país era tensa. Al aproximarse la renovación de las autoridades nacionales se postularon distintos candidatos. El Partido Nacionalista sostenía a Elizalde; Adolfo Alsina contaba con gran popularidad como jefe del porteñismo autonomista; el federalismo del interior apoyaba a Urquiza, y a Lucio V. Mansilla se le ocurrió el nombre de Sarmiento, ausente en Estados Unidos. Sarmiento era un hombre sin partido y su candidatura era apoyada por el diario La Tribuna de los hermanos Varela, surgió la fórmula Sarmiento-Alsina. Mitre no apoyó a ninguno abiertamente, pero se mostró contrario a la candidatura de Alsina, de Urquiza, y encontró objeciones a la de Sarmiento; dentro de su partido simpati-zaba con Elizalde. Alsina, que se sintió anulado por Mitre para el primer término de la fórmula presidencial, puso entonces su partido y su influencia a favor de Sarmiento, y así cristalizó la fórmula Sarmiento-Alsina. Sarmiento aceptó la presidencia de la República sin hacerse ilusiones acerca de las perspectivas que se le ofrecían y no quiso trabajar en los preparativos electorales y permaneció en Estados Unidos hasta julio de 1868, preparando nuevos libros, uno de ellos sobre la vida de El Chacho. Se proponía escribir, además, una historia de Paraguay y una biografía del general Rosas. En el ánimo colectivo influyó el emotivo entierro en Buenos Aires de su hijo Dominguito, caído en la guerra de Paraguay, y que suscitó simpatías hacía el padre ausente. Las elecciones se realizaron el 12 de abril y, como todas las de su tiempo, no se distinguieron por la espontaneidad del electorado, pues el general Arredondo encauzó dos revoluciones para sostener a Sarmiento, y Mitre tuvo que procesarlo y destituirlo. El 16 de agosto se reunió el Congreso para proceder al escrutinio; sobre 156 electores votaron 131.Sarmiento recibió 79 votos para presidente y Alsina 82 para vicepresidente. Los adversarios de Sarmiento argumentaron que no había tenido la mayoría absoluta de electores, pero la Cámara de Diputados se había reunido antes para determinar qué había de entenderse por mayoría absoluta, y resolvió que ésta se calcularía sobre el total de los votos y no sobre el total de los electores. Sarmiento se enteró de su elección como nuevo presidente de la Argentina al llegar a las costas brasileñas. El 30 de agosto, al día siguiente de su llegada a Buenos Aires, una manifestación de maestros y niños fue hasta su casa, situada en la calle Belgrano, entre las de Bolívar y Defensa, para cumplimentarlo como merecía.
El presidente respondió con una larga carta, que se conoce como su testamento político, donde fija su posición.
¿Quién debe ser el candidato? El candidato mejor sería aquel que reuniese el mayor número de voluntades del partido liberal y el que fuese más libremente elegido:
1º Porque esas voluntades tendrían necesariamente que ser espontáneas y serían la expresión natural de las opiniones de la mayoría, desde que no hubiese ni sombra de presión moral o material por parte de la autoridad;
2º Porque de no proceder así, sus enemigos más compactos y disciplinados podrían alcanzar el triunfo tomándonos diseminados;
3º Porque el triunfo de esa fracción de nuestro partido sólo podría dar origen a un gobierno raquítico que no podría ni obrar el bien ni reprimir el mal;
4º Porque con tal proceder nos cerrábamos, para el último caso, las puertas de un triunfo relativo, cuando tuviésemos que optar entre Urquiza, por ejemplo, y un candidato cualquiera del partido liberal que con el auxilio común podría convertirse en un gobierno de compromiso entre los mismos amigos.
Urquiza se presentó a las elecciones presidenciales en 1868 como candidato del partido federal, pero perdió por una diferencia aplastante contra el candidato de una parte del unitario: Sarmiento. En cambio, logró hacerse elegir nuevamente gobernador de su provincia, y en mayo de ese año asumió nuevamente el gobierno provincial.
"Y para que no quede ninguna duda del modo como yo entiendo esto, agregaré que en mi programa, que toma como puntos de partida hombres como Elizalde, Sarmiento, Rawson, etc., no está excluido ni aun el mismo Adolfo Alsina, que es hoy una falsificación de candidato, al cual podría darse el valor legal por el apoyo de la mayoría.
Por lo demás, todos saben lo que pienso de la candidatura de Urquiza, y no he ocultado que, llegado el caso, le haría oposición de una manera digna, valiéndome únicamente de mi autoridad moral ante mis compatriotas, precisamente porque tal candidatura, que simbolizaría la renovación de los gobiernos personales, sería la negación de una elección libre y legal como la que yo busco y deseo. Es, pues, eliminando candidaturas del calibre de la de Urquiza, como yo entiendo que puede y debe hacerse una elección libre, haciendo únicamente posible de este modo el triunfo de candidaturas que sólo representan la fuerza de la opinión, y que hagan prácticos en el gobierno los principios de nuestro credo político, reaccionando contra los vicios de un poder personal..."
Con su carta trató Mitre de que no se desplegaran dentro del partido liberal tres o cuatro banderías excluyentes, lo cual llevaría a la derrota del partido.
Reconoce que una indicación suya en favor de uno u otro candidato podría ser decisiva, y recomienda a sus amigos que no condenen ninguna candidatura liberal; por ejemplo la de Sarmiento, que La Nación Argentina combatía agriamente en favor de Elizalde. Con ese apasionamiento en favor de uno u otro de los candidatos liberales, se abriría camino la candidatura de Urquiza u otra parecida, que tendrían a su favor la fuerza que le daría la disolución de sus adversarios en fracciones excluyentes.
Contra la carta o testamento político de Mitre, reaccionó enérgicamente Adolfo Alsina, defendiendo su conducta y rebatiendo afirmaciones del presidente, carta a la que respondió Mitre desde el cuartel general el 6 de enero de 1868. Refiriéndose al pensamiento de federalizar la provincia de Buenos Aires, escribió Mitre:
"La idea de la federalización temporaria de la provincia de Buenos Aires nació aisladamente en algunas cabezas como la solución provisoria de un problema oscuro y difícil que sólo el tiempo podía resolver. Ellos pensaban que tal era el medio más eficaz de dar a la reorganización nacional la base del poder moral y material de Buenos Aires, el mejor medio de preparar la solución del problema económico entre Buenos Aires y la nación y de asegurar para el presente y el futuro la influencia de los principios que había presentado y estaba destinado a representar".
Y se mantiene en la extensa respuesta a la altura de sus principios, razonando con lógica cerrada y procurando llevar a su contricante a la reflexión y a la persuasión.
Se mantuvo fiel a su prescindencia respecto de los candidatos liberales cuando Sarmiento le pidió en diciembre de 1867 y en abril de 1868 que favoreciese su candidatura con su apoyo.
En su carta de noviembre de 1867 a José María Gutiérrez señalaba Mitre su oposición a la candidatura de Urquiza y calificaba la de Adolfo Alsina de contrabando. El 17 de mayo de 1868 se dirigió a Urquiza invitándole a renunciar a su candidatura, que proponían algunas provincias y núcleos de opinión en la propia ciudad de Buenos Aires. Decía, entre otras cosas:
"Un acuerdo entre los dos para transmitirnos el poder, ya fuese para hacer triunfar un candidato cualquiera, aun sin hacer para ello uso de medios reprobables, habría sido una inmoralidad, un oprobio para nuestro país y una vergüenza para nosotros, además de que habría sido un inmenso paso retrógrado en el camino del orden constitucional y del gobierno del pueblo por el pueblo, en que debemos empeñarnos en adelantar, a pesar de los obstáculos con que los vicios de algunos gobiernos locales y la falta de educación y energía de algunos pueblos obsten al establecimiento real de la libertad electoral...Un pueblo necesita más de moralidad, de libertad y de justicia que de tutores que pretendan dirigirlo por medio de intrigas oscuras..".
"A V. E. le ha sido concedida por el destino una posición que a muy pocos les ha sido dado alcanzar en nuestra América, tan trabajada por malas influencias, por malas pasiones, a la vez que por aspiraciones legítimas hacia la libertad y la justicia, siendo la desgracia de estos pueblos el que no siempre las grandes influencias se han puesto al servicio de lo mejor y han preferido su egoísmo a la felicidad de la comunidad.
En el último tercio de su vida, después de haber derribado una bárbara tiranía, después de haber llenado una presidencia histórica, que preparaba la unión de una gran nación, presidiendo a su organización constitucional, tiene V. E. la fortuna de conservar todavía una influencia eficaz para servir a esos grandes objetos, trabajando para el mantenimiento de la unión nacional, que tanto nos ha costado, por la conservación de la paz de que tanto- necesitamos y por el prestigio y la eficacia del gobierno que haya de regir nuestros destinos en nombre de la ley y de la libertad de que sacará fuerza para gobernar. ..."
Urquiza respondió en un tono elevado y digno y explicó por qué razones no podía retirar su candidatura a la altura a que habían llegado las cosas. Es una carta bien meditada que reafirma la posición moral y política del vencedor de Caseros y que contiene conceptos y doctrinas que pueden ponerse al nivel del "testamento político" de Mitre. En las elecciones, obtuvo Urquiza más votos que Elizalde, el candidato de la predilección de Mitre, pero el triunfo correspondió a Sarmiento, a quien Mitre hizo entrega del mando en una gran ceremonia el 12 de octubre de 1868.