Un asunto importante y móvil de grandes pasiones que debía encarar el poder ejecutivo nacional fue el del asiento de las autoridades de la nación para determinar la capital de la República
El Congreso nacional procuró complementar con sus iniciativas y sus disposiciones legislativas la acción del Poder ejecutivo nacional; acordó por ley que éste entrase de inmediato en posesión de los objetos que, según la Constitución, corresponden al gobierno nacional y están bajo su jurisdicción en todo el territorio; se comprendía, entre esos objetos, los asuntos nacionales incluidos en el presupuesto de la provincia de Buenos Aires de 1859 y que, de conformidad con el tratado del 6 de junio de 1860, quedaban bajo la administración de esta provincia hasta resolución del Congreso; el gobierno nacional entregaría al de la provincia de Buenos Aires el primer día de todos los meses, de las rentas de la Aduana, la cantidad necesaria para cubrir la garantía convenida y las partidas del presupuesto provincial, incluyendo la deuda pública, contenidas en el presupuesto general de 1859; otra ley, del 28 de agosto, dispuso la atención de las obligaciones nacionales asumidas tanto por la provincia de Buenos Aires como por el gobierno de la Confederación; desde el 10 de octubre en adelante, la renta nacional de Buenos Aires la hizo suya la nación y la provincia tuvo asegurado su presupuesto de 1859 durante cinco años.
Pero el asunto importante y móvil de grandes pasiones que debía encarar el poder ejecutivo nacional fue el del asiento de las autoridades de la nación; el Congreso sancionó el 20 de agosto de 1862 una ley disponiendo que para el período legislativo de 1863 se determinaría la capital permanente de la República; durante tres años las autoridades nacionales continuarían residiendo en la ciudad de Buenos Aires, la cual, lo mismo que la provincia homónima, sería federalizada y quedaría durante ese tiempo bajo el gobierno y dependencia de las autoridades nacionales. La ley fue sometida a la legislatura bonaerense para su aceptación en la parte que le atañía. La legislatura la rechazó y entonces Mitre invitó a la misma a que contribuyera a resolver la cuestión.
Félix Frías a fines de 1839 se unió a la "cruzada libertadora" del general Juan Lavalle, e hizo con él la larga campaña por el interior del país, luchando en las batallas de Don Cristóbal y Sauce Grande y en la invasión a Buenos Aires y Santa Fe. Tras la toma de Santa Fe, organizó una "junta de notables" que nombró gobernador a Pedro Rodríguez del Fresno, y fue ministro de gobierno de éste. Pero enseguida se unió a Lavalle en su campaña a Córdoba; combatió en las derrotas de Quebracho Herrado y Famaillá. Después de esa derrota, huyó a Bolivia y de allí pasó a Chile.
En el congreso Félix Frías dijo en su exposición en el Congreso : "Nos gusta más ser provincia libre que nación sin libertad. . . Rechacemos resueltamente y sin vacilar esa ley y al mismo tiempo tendamos a sus autores la mano de amigos".
Antes, el 6 de junio de 1862, se había dirigido a la Asamblea nacional señalándole la necesidad de "determinar lo que corresponde con relación a los tratados del 11 de noviembre de 1859 y 6 de junio de 1860" y también a "lo que respecta a la Capital de la República" con arreglo al artículo tercero de la Constitución nacional.
En el mensaje a la Asamblea no enuncia Mitre un proyecto concreto acerca del último punto, pero su texto lo sugiere al afirmar que "siendo el deber, la gloria y la conveniencia de Buenos Aires contribuir eficazmente .y con todos sus medios a consolidar para los tiempos presentes y venideros la nueva situación que le ha tocado crear, dando a la nacionalidad bases inconmovibles y siendo ésta la creencia y la esperanza de todos los pueblos, tan grandes objetos sólo pueden alcanzarse de dos modos: o bien poniendo desde luego a disposición del gobierno nacional todas aquellas cosas que por su naturaleza le correspondan en el territorio de la provincia de Buenos Aires, aun renunciando voluntariamente, si fuese necesario, en el interés propio y de la comunidad, y hasta donde fuese compatible con su vida propia, la posición especial que le han dado los pactos existentes; o bien, dando por base a la organización nacional la misma provincia, de Buenos Aires con sus elementos de gobierno, en el modo, forma y extensión que el Congreso halle conveniente". . .
Fue en razón de esa sugestión del poder ejecutivo nacional como el Congreso acordó la ley que federalizaba la ciudad y la provincia de Buenos Aires por tres años hasta resolver en definitiva cuál sería el asiento del gobierno federal. Rechazada la ley por la legislatura bonae-rense, volvió a insistir Mitre en que ésta contribuyese a resolver la cuestión.
La discusión volvió a retemplar los ánimos, porque hizo resurgir el localismo porteño, tan arraigado, y entre otras consecuencias que tuvo, una de ellas fue la escisión del partido liberal, que tenía a Mitre como único jefe; reapareció el autonomismo con un jefe muy popular, Adolfo Alsina, que encabezó a los crudos, contra la fracción que respondió a la corriente nacionalista de Mitre, la de los cocidos.
Eduardo Costa fue varias veces diputado provincial, y durante la gobernación de Mitre fue su ministro de educación, y luego de gobierno. Cuando, después de la batalla de Pavón, Mitre fue electo presidente de la Argentina, nombró a Costa ministro de Justicia e Instrucción Pública.
Como ministro de justicia, logró la organización de la Suprema Corte de Justicia y la instalación de juzgados federales en todas las capitales provinciales. En la práctica, ese período fundó el Poder Judicial argentino, algo en lo que el gobierno de Urquiza había fracasado por completo. También creó los primeros registros civiles del país.
En cuanto ministro de educación, se concentró en fundar los Colegios Nacionales de muchas provincias – sobre la base de los existentes – para unificar la educación secundaria del país. Según el mismo Mitre, sus intereses no eran tanto educativos como políticos, ya que se proponía unificar ideológicamente a las clases medias y altas del país. Sus modelos principales eran el Colegio Nacional de Concepción del Uruguay – modelo en su época para todo el país – y el de Colegio Nacional de Buenos Aires. Prestó relativamente poca atención a la educación primaria, que dejó generalmente en manos de los gobiernos provinciales. Apenas participó en la política interna de la Universidad de Buenos Aires y la de Córdoba, las dos únicas existentes en el país, que dejó en manos de sus respectivos consejos académicos.
Félix Frías informó en el Senado de la provincia contra la ley del Congreso de la nación, en nombre de la comisión de negocios constitucionales que integraba con Juan José Montes de Oca y Francisco Javier Muñiz, dos médicos ilustres. Frías había acompañado a Lavalle en su campaña del ejército libertador y fue uno de los que condujeron sus restos hasta Bolivia después de su muerte en Jujuy; sostenía un criterio dogmático en materia religiosa, pero lo armonizaba con las exigencias democráticas. En el Senado bonaerense figuraban guerreros de la independencia como Benito Nazar, José Matías Zapiola, José María Albaririo y Blas José Pico y lo presidía Vicente Cazón, con la vicepresidencia de Manuel Ocampo. Integraban el cuerpo, además, Jorge Atucha, Miguel de Azcuénaga, Ventura Bosch, Juan Cano, Martín de Gainza, Manuel José de Guerrico, Ambrosio P. Lezica, Julián Martínez, Juan Bautista Molina, Fernando Otamendi, Francisco Pico, Matías Ramos Mejía, Eustaquio de la Riestra y Mariano Saavedra.
Eduardo Costa y Juan Andrés Gelly y Obes rebatieron a Frías. Hablaron unos en contra y otros a favor, Azcuénaga, Lezica, Bosch, Pico. Puesto el asunto a votación, se rechazó la ley de capitalización por trece votos contra diez. Zapiola, llevado en andas a la sala, por causa de su edad avanzada, votó porque Buenos Aires fuese erigida en capital de la República.
Si en el Senado la discusión se había mantenido a gran altura política, en la Cámara de diputados descendió al terreno de las pasiones y de la turbulencia. La presidía Andrés Somellera, nacido en Asunción del Paraguay, y eran vicepresidentes Ventura Martínez e Hilarión Medrano; jóvenes como el tucumano Nicolás Avellaneda se medían con el vehemente porteñista Carlos Tejedor. Integraban la Cámara entre otros: José Antonio Acosta, Santiago Albarracín, Emilio A. Agrelo, Ceferino Araujo, Marcelo Aráoz, Federico Alvarez de Toledo, Fernando del Arca, Eduardo Basavilbaso, José María Bustillo, Domingo Belgrano, Cosme Beccar, Jacinto y Pablo Cárdenas, Carlos Casares, Antonio Basso, Juan A. Cascallares, Martín R. Campos, Luis María Drago, Carlos Durand, Isaac Fernández Blanco, Cándido Galván, Alejo B. González Garario, Palemón Huergo, Martín Iraola, José Manuel Lafuente, Ricardo Lavalle, Santiago Larrosa, Francisco B. Madero, general Emilio Mitre, Luis Martínez, José R. Miguens, Francisco J. Moreno, José María Moreno, Angel Medina, Claudio Mejía, Leopoldo Montes de Oca, Gervasio Antonio de Posadas, Francisco Sánchez de Zelis, Rafael Trelles y José Francisco Vivot.
El resultado de los debates, en presencia de una barra vibrante, como en los tiempos del rechazo del acuerdo de San Nicolás, fue 31 votos contra la federalización de Buenos Aires y 9 a favor.
Volvió a. quedar en peligro la unificación nacional y a punto de crisis el gobierno nacional provisional.
Eduardo Costa y Norberto de la Riestra hicieron dimisión de cargos; Mitre aceptó la dimisión de de la Riestra, cuyos merecimientos como financista reconocía bien, y persuadió a Costa para que permaneciese en el gobierno.
Los legisladores de Buenos Aires, para prevenir la crisis que se avecinaba, acordaron por ley del 25 de setiembre de 1862 que se aceptaba la residencia de las autoridades nacionales en la ciudad de Buenos Aires sobre la que tendrían jurisdicción hasta que el Congreso dictase la ley de capital permanente. Las autoridades provinciales continuarían en la misma ciudad si no consideraban conveniente trasladarse a otro lugar; la provincia mantenía la jurisdicción sobre sus establecimientos dentro del municipio, el cual enviaba su representación a la legislatura; su organización municipal continuaba dependiendo de los tribunales provinciales.
En 1866 la municipalidad volvió a depender de la provincia, después de una agitada oposición de los alsinistas a una ley que se aplicaba al municipio. La ley de federalización provisional sería revisada a los cinco años por el Congreso nacional y la legislatura provincial. Las autoridades nacionales, pues, residirían en el municipio de Buenos Aires bajo los términos y condiciones ofrecidas por la legislatura de la provincia y hasta tanto se estableciera la capital permanente de la Nación.
La federalización de Buenos Aires ya había sido una de las causas de la caída de Bernardino Rivadavia, por la resistencia hecha a su ley de febrero de 1826. Siguió siendo un problema por muchos arios, hasta 1880.
Los presidentes Rivadavia, Urquiza y Mitre querían que la capital fuese Buenos Aires; Valentin Alsina, Salvador María del Carril y Elizalde, que fuese el territorio que forma el partido de San Nicolás y el comprendido entre los arroyos del Medio y Pavón, en la provincia de Santa Fe; el primero con la división de la provincia; Florencio Varela creía que la capital debía fijarse en un punto que no fuese Buenos Aires, como opinaba también Alberdi, que pensó al principio en Paraná; así lo expresaron Tejedor, Juan José Montes de Oca, Mármol; Sarmiento proponía la isla de Martín García, más tarde Rosario y por último una ciudad aún no formada; Vélez Sarsfield y Juan S. Fernández se inclinaban en favor de San Fernando; Luis Vélez, Warcalde, Villada, Terán, Quinteros, Guillermo Rawson y Achával Rodríguez querían que fuese Córdoba, aunque el penúltimo quiso después una ciudad futura y el último se inclinó por Buenos Aires, etc., etc. Joaquín Granel insistió ario tras ario en que la capital fuese Rosario y logró la aprobación de leyes al respecto; también estuvieron en favor de Rosario, Achával Rodríguez, Igarzábal, Villada, Warcalde, Quintana y Funes.