Guillermo Furlong nació en el seno de una colonia irlandesa de la Provincia de Santa Fe, Argentina. Sus padres, quienes emigraron de Irlanda, fueron Santiago Furlong (nacido en Hayeslan, Condado de Wexford, el 8 de septiembre de 1859) y Anita Cardiff (nacida en Kyle, Condado de Wexford, el 1º de mayo de 1863), católicos que se dedicaban a tareas agrícolas en su campo de Arroyo Seco.
En 1891 la familia se trasladó a la ciudad de Rosario donde su padre fue jefe de estación del Ferrocarril Central Argentino. A los siete años es inscripto en el Colegio de la Sra. Woods (calle Wheelright, Rosario) y al siguiente año concurrió al Saint Bartholomew School (calle Urquiza, Rosario), donde asistían en su mayoría alumnos procedentes de familias de habla inglesa.
En 1903 ingresó en la Compañía de Jesús en Córdoba. En 1905 viajó a España y en Monasterio de Veruela, ubicado en Aragón, España, estudió humanidades. En 1911 partió a los Estados Unidos y en el Woostock College se dedicó al estudio de las ciencias naturales y físicas. En la Universidad de Georgetown, ubicada en Washington D. C., obtuvo el grado académico de doctorado.
Regresó a Argentina y en Buenos Aires donde se desempeñó como profesor en el seminario de Villa Devoto y en el Colegio del Salvador.3
En 1920 viajó nuevamente a España. En Barcelona estudió teología. Fue ordenado sacerdote en 1924.
También asesoró a los jóvenes de la Acción Católica Argentina, fue miembro fundador de la Junta de Historia Eclesiástica Argentina, de la Academia Nacional de Geografía y miembro de número de la Academia Nacional de la Historia de la República Argentina. Estuvo a cargo del Instituto de Historia Argentina y Americana de la Universidad del Salvador desde su creación, en 1966.
Fue, además, un estudioso de la historia colonial rioplatense. Con alrededor de 2000 obras, es uno de los escritores argentinos más prolíficos.[cita requerida] Solía trabajar en la ejecución de varias obras a la vez y sus descansos consistían solamente en variar los temas. Vivía en su cuarto muy humilde rodeado de sus únicas riquezas: sus colecciones bibliográficas, algunas de ellas de gran valor.[cita requerida]
Falleció en Buenos Aires, el 20 de mayo de 1974, a los 86 años de edad cuando regresaba en subterráneo luego de pronunciar una conferencia.