René Favaloro nació y se crio en la ciudad de La Plata (capital de la provincia de Buenos Aires) junto a sus padres Juan Manuel Favaloro ―carpintero― e Ida Raffaelli de Favaloro ―modista―. Siempre estuvo comprometido con el conocimiento, gracias en parte a su abuela materna, quien le transmitió su amor por la naturaleza y la emoción al ver cuando las semillas comenzaban a dar sus frutos. A ella le dedicaría su tesis del doctorado: «A mi abuela Cesárea, que me enseñó a ver belleza hasta en una pobre rama seca».
Realizó la primaria en la escuela n.º 45, en esta escuela se levantó un mural en su memoria. En 1934 comenzó sus estudios secundarios en el Colegio Nacional Rafael Hernández; finalizada esta etapa,
ingresó en la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de La Plata. En el tercer año comenzó las prácticas en el Hospital Policlínico y empezó a tomar contacto por primera vez con los pacientes. Excediendo lo exigido por el programa, volvía por las tardes para controlar la evolución de los pacientes y dialogar con ellos.
Asimismo observaba a los alumnos de sexto año de Rodolfo Rossi o Egidio Mazzei, profesores titulares de Clínica Médica, y, además, presenciaba las cirugías de José María Mainetti y Federico E. B. Christmann, quien le enseñó las técnicas de simplificación y estandarización que aplicó después en la cirugía cardiovascular, su contribución a las operaciones del corazón y las grandes arterias.
Su preparación profesional la realizó en el Hospital Policlínico donde se recibían los casos complicados de toda la provincia de Buenos Aires. Vivió en el hospital durante los dos años de residencia. Se graduó en 1949 e inmediatamente se produjo una vacante para médico auxiliar, puesto al que accedió en forma interina. Al poco tiempo su hermano, Juan José, médico también, empezó a trabajar en la clínica con él, integrándose muy pronto a la comunidad por sus condiciones humanas.
Durante los años que ambos permanecieron en la localidad de Jacinto Aráuz fundaron un centro asistencial. Desapareció la mortalidad infantil de la zona, se redujo la cantidad de infecciones en los partos y la desnutrición, crearon un banco de sangre de personas vivas con donantes que se presentaban cada vez que los necesitaban y realizaron charlas comunitarias en las que enseñaban métodos para prevenir enfermedades.
Favaloro se actualizaba con publicaciones médicas y realizaba cursos de capacitación en La Plata. Se interesó por las intervenciones cardiovasculares, que en ese tiempo se estaban empezando a desarrollar, y por la cirugía torácica.
Empezó a ver la forma de terminar su etapa de médico rural y capacitarse en Estados Unidos, los profesores José María Mainetti y Alfonso Roque Albanese le aconsejaron la Cleveland Clinic. En 1962 se radicó en Cleveland y se desempeñó primero como residente y luego en el equipo de cirugía en colaboración con médicos locales, concentrando su trabajo en enfermedades valvulares y congénitas. Posteriormente se interesó en otros temas, como las cineangiocoronariografías y al estudio de la anatomía de las arterias coronarias y su relación con el músculo cardíaco.
A comienzos de 1967, Favaloro estudió la posibilidad de utilizar la vena safena en la cirugía coronaria, haciendo prácticas con sus ideas en mayo de ese año. La estandarización de esta técnica, llamada del baipás o cirugía de revascularización miocárdica, fue el principal trabajo de su carrera, lo que le dio prestigio internacional, ya que el procedimiento cambió radicalmente la historia de la enfermedad coronaria. En 1970editó un libro llamado Surgical treatment on coronary arteriosclerosis, que fue también editado en español con el nombre Tratamiento quirúrgico de la arteriosclerosis coronaria.
En 1971 Favaloro regresó a la Argentina, para operar en el Sanatorio Güemes de la Capital Federal, que era liderado por Mauricio Barón como presidente de la institución y por el doctor Luis de la Fuente, en cardiología como experto en cardiología clínica y en la incipiente cardiología invasiva. Anteriormente, Favaloro había sido alentado por De la Fuente ―desde 1968― a operar a un paciente ciego que no podía viajar a Estados Unidos.
El doctor Luis de la Fuente era clave por su formación de excelencia en Estados Unidos y fue fundamental para Favaloro ya que hacía los diagnósticos clínicos y los cateterismos coronarios. Favaloro no operaba si De la Fuente no hacía los diagnósticos y los cateterismos. Así lo confirmó el futbolista Silvio Marzolini al diario Ámbito Financiero. Posteriormente fue De la Fuente pionero internacional de la angioplastia con stent y medicamento ―Buenos Aires, 1999―, de la neoarteria, el seno coronario y las células madre; todos avances impulsados por De la Fuente y con el sueño de Favaloro de desarrollar un centro de excelencia similar al de la Cleveland Clinic, que combinara la atención médica, la investigación y la educación.
En 1975, Favaloro fundó con ese propósito junto a otros colaboradores la Fundación Favaloro, que lleva su apellido a instancias del cardiólogo Luis de la Fuente, quien lo convenció en nominarla así en 1974, que además es un centro de capacitación donde estudian alumnos de diferentes partes del mundo y donde cada dos años se celebra el congreso Cardiología para el Consultante.
En 1980 Favaloro creó el Laboratorio de Investigación Básica, manteniéndolo con dinero propio por un largo tiempo, dependiente del Departamento de Investigación y Docencia de la Fundación Favaloro. Con posterioridad, pasó a ser el Instituto de Investigación en Ciencias Básicas del Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas. Esta fue la base de la creación, en agosto de 1998, de la Universidad Favaloro.
En 1984 era una de las personalidades que nombró el presidente Raul Alfonsín para integrar la Conadep (Comisión Nacional por la Desaparición de Personas) y renunció a ella.
Sobre los motivos de la renuncia hay distintas versiones: Graciela Fernández Meijide dice que Favaloro envió una carta aduciendo razones anímicas y laborales, al mismo tiempo que remitía una carta de renuncia a Alfonsín en la que se mostraba molesto y decepcionado porque había recibido a Isabel Perón; entre los miembros de la CONADEP la impresión era que había renunciado por la relación que mantenía con algunos militares que desde 1976 habían obtenido aportes monetarios importantes para su Fundación.
Otra versión es que renunció por profundas diferencias ideológicas: Favaloro consideraba que hubo delitos cometidos tanto por el Estado Nacional de esos años y las organizaciones subversivas que operaban desde la clandestinidad.
Héctor D'Amico afirma que renunció al ser informado de que la Comisión no tenía atribuciones para investigar a grupos terroristas cercanos al gobierno de Isabel Perón, como la Triple A. Favaloro había sugerido que el laboratorio de los doctores Emilio Haas y Luis Verruno era ideal para hacer los análisis de histocompatibilidad en el país. Pero las Abuelas de Plaza de Mayo no aceptaron la recomendación de Favaloro argumentando que Verruno trabajaba en el Hospital Militar dentro del cual había funcionado un centro clandestino de detención durante la dictadura. Abuelas de Plaza de Mayo atribuye su renuncia a ese episodio.
En 1992 se inauguró en Buenos Aires el Instituto de Cardiología y Cirugía Cardiovascular de la Fundación Favaloro, entidad sin fines de lucro. Con el lema «tecnología de avanzada al servicio del humanismo médico» se brindan servicios altamente especializados en cardiología, cirugía cardiovascular y trasplante cardíaco, pulmonar, cardiopulmonar, hepático, renal y de médula ósea, además de otras áreas. Favaloro concentró allí su tarea, rodeado de un grupo selecto de profesionales dejando al Sanatorio Güemes.
Hacia el año 2000, la Argentina ya estaba sumergida en una crisis económica y política. La Fundación Favaloro se encontraba en una difícil situación, endeudada en unos 18 millones de dólares estadounidenses, por lo que Favaloro pidió ayuda al Gobierno argentino, sin recibir una respuesta oficial.
Estoy pasando uno de los momentos más difíciles de mi vida, la fundación tiene graves problemas financieros. En este último tiempo me he transformado en un mendigo. Mi tarea es llamar, llamar y golpear puertas para recaudar algún dinero que nos permita seguir.
René Favaloro.
El 29 de julio del año 2000 ―el mismo día del cumpleaños de su amigo y cardiólogo Luis de la Fuente (1932-), quien lo había convencido de volver a la Argentina―, Favaloro se encerró en el baño de su casa y se disparó un tiro en el corazón.
Tras el desenlace fatal, se conoció que Favaloro había dejado en su departamento siete cartas cuyo contenido se reveló parcialmente.
En una de ellas, dirigida a las «autoridades competentes», dejaba en claro que había decidido quitarse la vida, y explicaba que la crisis económica que atravesaba la Fundación Favaloro había sido el desencadenante de su determinación, expresando que la sociedad argentina necesitaba de su muerte para tomar conciencia de los problemas en los que estaba envuelta. Favaloro expresaba su cansancio de «ser un mendigo en su propio país», luego de los reclamos enviados al entonces presidente de la Nación Fernando de la Rúa, en los cuales solicitaba entre otras cuestiones el pago de las deudas millonarias que mantenían con su fundación varias obras sociales, siendo la más abultada la contraída por PAMI .
René Favaloro publicó más de trescientos trabajos de su especialidad. Debido a su pasión por la historia llegó a escribir dos libros de investigación y divulgación sobre el general José de San Martín. Es autor también de la autobiografía De la pampa a los Estados Unidos (la versión en inglés, titulada The Challenging Dream of Heart Surgery fue publicada en Boston [Estados Unidos] por Little, Brown and Company en 1994), en el cual recuerda sus diez años de trabajo en equipo con eminentes personalidades de la medicina durante su estancia en la Cleveland Clinic. Este se publicó por primera vez en 1992, llegando a alcanzar la octava edición en 1996 a través de la Editorial Sudamericana. Además, su autobiografía denominada Recuerdos de un médico rural tiene varias ediciones, la primera de ellas editada en el año 1980.
Finalmente su último libro, Don Pedro y la educación, se publicó en Buenos Aires por el Centro Editor de la Fundación Favaloro en 1994.