Ingresó a los 18 años como cadete en el Regimiento fijo de Orán y ya egresado como oficial, estudió matemáticas y en febrero de 1752 se trasladó al cuerpo de Ingenieros.
Ese mismo año colaboró con el trazado de mapas del Ampurdán para la realización de fortificaciones y carreteras. En 1753 le fue encargada la supervisión de las fortificaciones del castillo de Montjuic en Barcelona.
Aún trabajaba en ellas cuando en 1760 fue ascendido al grado de capitán; y en 1762, ante la suspensión de las obras, fue destinado a la reparación de las baterías de la costa de Castilla en la guerra con Portugal.
Al año siguiente contrajo matrimonio con María Ignacia Rameri, natural de San Sebastián. En 1769 volvió a ser destinado a trabajos cartográficos, colaborando con los franceses en el levantamiento de los mapas militares de Aldudes, entre Navarra y Francia.
Ascendido a teniente coronel al año siguiente fue enviado a Montevideo a solicitud del gobernador Juan José de Vértiz y Salcedo en 1771 para reparar los baluartes de la ciudadela. Permanecería en América hasta su muerte.
Fue gobernador de Montevideo (1773-1790), presidente de la Audiencia de Chile (1790-1795) y de la Audiencia de Charcas (1795-1799).
Se casó por poder en 1783 con Rafaela de Vera Mujica y López Pintado, celebrándose en su ciudad natal bailes populares y grandes festejos con motivo del matrimonio. Tuvieron los siguientes hijos:
Francisco Pío del Pino y Vera Mujica, Ángela del Pino y Vera Mujica , Miguel del Pino y Vera Mujica y Juana del Pino y Vera Mujica, Rafaela del Pino y Vera Mujica , Carmen del Pino y Vera Mujica , Mariano del Pino y Vera Mujica, Joaquín del Pino y Vera Mujica, casado con Julia Quiñones de León , Wenceslao del Pino y Vera Mujica.
Luego se le confió la Gobernación de Chile, desempeñándola entre 1799 y 1801.
Por título expedido el 14 de julio de 1800 en Madrid fue nombrado virrey del Río de la Plata, asumiendo el 20 de mayo de 1801.
Prohibió desembarcar a los buques extranjeros, acabando temporalmente con el contrabando de cueros crudo, común hasta ese momento, sin reemplazarlo por una actividad exportadora legal. Limitó también la circulación de extranjeros, temiendo la implantación de las ideas republicanas de la Revolución francesa. Durante su gestión se publicó el primer periódico aparecido en Buenos Aires, El Telégrafo Mercantil, 1801, pero poco después fue clausurado por orden del virrey.
Dio en 1801 las primeras tareas de responsabilidad a Santiago de Liniers, nombrándolo gobernador de Misiones.
Éste pretendió aprovechar la coyuntura para recuperar los Siete Pueblos de las Misiones Orientales invadidas por los portugueses del Brasil desde comienzos del año, tomando la guerra luso-hispana como excusa. Del Pino, sin embargo, no le facilitó los pertrechos necesarios, y la pérdida de las misiones del Guayrá sería ya irremisible. El 6 de julio de 1802 sería relevado de sus funciones por ello, nombrándose en su reemplazo a Antonio Amar, pero el relevo se suspendió en atención a su edad.
Ya septuagenario, cayó enfermo en abril de 1804 y murió diez días más tarde.
Tal como establecían las ordenanzas reales, su lugar fue ocupado por el militar de máyor antigüedad; éste era Rafael de Sobremonte, hasta entonces Subinspector General del Ejército.
Pocos años después su hija, Juana del Pino y Vera Mujica, nacida en Montevideo el 21 de diciembre de 1786, se casó con el estadista argentino Bernardino Rivadavia en 1805, quien luego fue el primer Presidente de la Nación Argentina.