Hijo de Pablo de la Cruz y de Antonia de Goyeneche y Lope de Lara, fue miembro de una numerosa familia integrada, además, por otros seis hermanos: José, Pablo, Mariana, Manuela, Antonia y Nieves De la Cruz Goyeneche.
Su padre, Pablo De la Cruz, había nacido en Villa de Tabernas (España) en 1714 y era militar de profesión, el que llegó a Chile en 1740 y luego de una dilatada carrera muere en Concepción en 1794.
Se casó con Josefa Prieto, con quien tuvo cinco hijos, uno de los cuales, José María de la Cruz Prieto, llevaría adelante una importante carrera política y militar.
En 1792 fue procurador de Concepción y, cuatro años más tarde, alcalde de la misma ciudad. En 1791 se había integrado en el ejército español con el grado de teniente de caballería de la milicia de Concepción. Al estallar el movimiento emancipador se unió a él y participó en numerosos combates de la Independencia, que le llevaron al grado de teniente coronel.
Siendo alcalde de Concepción realizó una célebre exploración en 1806 para hallar un camino más directo entre Concepción y Buenos Aires. Para tal efecto fue acompañado de Justo Molina quien había concretado el año anterior un viaje similar en sentido opuesto. De la Cruz con un pequeño grupo de españoles e indios pehuenches, al que se agregaron luego indios ranqueles, partió del Fuerte Ballenar (cerca de Antuco, Chile), cruzó la cordillera de los Andes por el paso Pichachén, para atravesar luego el norte de la actual provincia argentina de Neuquén, el sur de Mendoza, toda La Pampa, noroeste de Buenos Aires y Sur de Santa Fe, arribando finalmente a Melincué.
Más tarde ingresó a la carrera militar alcanzando relevancia en la lucha por la independencia de su país reemplazando por algún tiempo en 1817 a Bernardo O'Higgins como jefe supremo, intervino en acciones militares y políticas en pos de la libertad de Chile, supo del cautiverio en diversas cárceles (Chillán, Callao, Valparaíso, Isla de Juan Fernández), para una vez en libertad, luego de la victoria de San Martín en Chacabuco, acompañar al libertador en la gesta de emancipación americana.
Con O'Higgins en el poder, Goyeneche fue nombrado gobernador de Talca; en 1821 fue enviado a Perú para concluir las operaciones militares. Sus acciones militares le valieron el ascenso a mariscal el 25 de marzo de 1822.
Se desconoce con exactitud la fecha y el lugar de la muerte pero lo más probable es que falleciese el 15 de octubre de 1828 en Santiago, o el 9 de octubre en Rancagua.
Su muerte se produce en Santiago de Chile el 15 de octubre de 1828, cuando contaba con 60 años de edad.