Hijo del intendente de San Miguel de Tucumán, Manuel José Padilla de la Puente, y de Josefa Nougués Romero.
Al parecer, de niño fue algo indisciplinado. Fue expulsado de la Escuela Normal de Tucumán, donde tuvo de profesor a Paul Groussac, e ingresó luego al Colegio de la Inmaculada Concepción de Santa Fe.
Se graduo de abogado por la Universidad de Buenos Aires con altas distinciones en 1896, al pronunciar un elocuente discurso en nombre de los graduados, mostró entonces una incipiente aptitud para la oratoria. Obtuvo un doctorado por esa casa de Altos Estudios con una tesis sobre leyes de irrigación.
De regreso a su provincia fue elegido legislador provincial en 1900, diputado nacional y convencional constituyente en 1902. Como diputado nacional su dis¬curso de oposición al proyecto sobre ley de divorcio mereció la felicitación del Papa Pío X y su bendición apostólica.
Contrajo matrimonio con Elvira Salvatierra. Nuevamente fue elegido diputado nacional, gobernador de Tucumán en 1913, diputado nacional por tercera y cuarta vez, y ministro de Justicia e Instrucción Pública de la Nación. En 1943 fue intendente interino y presidente de la Comisión de Vecinos de la ciudad de Buenos Aires.
Electo gobernador de su provincia bajo la Ley Saenz Peña, de sufragio universal, secreto y obligatorio, frente a Pedro Leon Cornet, candidato de la Unión Cívica Radical, asumió su cargo el 2 de abril de 1913.
El gobierno de Ernesto Padilla fue el último de los gobiernos provinciales que puede ser catalogado como de "reformismo conservador", en razón de las obras públicas destinadas al mejoramiento de las condiciones de vida de la población, según las ideas esgrimidas de los industriales azucareros y la élite provincial. Asumió durante una crisis económica generada por la guerra en Europa, además de fuertes sequías, y la pérdida casi total de la producción de caña de azúcar debido a la plaga del "mosaico" que afectó gravemente a los cultivos.
Durante su gobierno se realizaron importantes obras en materia de vialidad, irrigación y edificación escolar, se fundó la Caja Popular de Ahorros, la colonia experimental agrícola; se concretó el proyecto de creación de la Universidad Nacional de Tucumán, entonces bajo la órbita provincial, siendo su primer rector el Dr. Juan B. Terán.
Con motivo de la celebración del Centenario de la Declaración de la Independencia Argentina el 9 de julio de 1916, inauguróse el Parque Centenario o Parque 9 de Juliodiseñado por Carlos Thays en setiembre de ese año. En el marco de dichos festejos se creó el Museo de Bellas Artes y el de la Industria Azucarera en la restaurada casa del obispo José Eusebio Colombres. Se emprendió la organización y publicación de archivos, la realización de congresos científicos y culturales, la construcción de parques, jardines y monumentos.2
El 2 de abril de 1917 culminó su gobierno y la hegemonía del poder en manos conservadoras al ceder el mando al primer gobernador electo por la U.C.R., Juan Bautista Bascary.
Como diputado al Parlamento Argentino, dedicó gran parte de su accionar en mejorar las condiciones de vida de los pobres del Norte Argentino en general, y de los de la Quebrada de Humahuaca en particular.
Son proyectos de su autoría la construcción del ferrocarril de Salta a Antofagasta, la creación del monumento a la Independencia Argentina en la Quebrada de Humahuaca, la restauración del Cabildo de Humahuaca, la estatua articulada y bendicente de San Francisco Solano en ese edificio. Tuvo también decidida participación en la ley que determinó la creación de la Embajada ante la Santa Sede.
Apoyó el trabajo de recopilación de la música popular y la poesía ancestral de los Valles Calchaquíes y de otras localidades del Noroeste Argentino. Contribuyó material y espiritualmente a las investigaciones musicológicas, artísticas e historiograficas de Orestes Di Lullo, Rodolfo Trostiné, Brígida Usandivaras, y las iniciativas intelectuales de Alfredo Coviello. Colaboró con la publicación de las obras de Miguel Lillo, Horacio Descole, el Genera Plantarum, con la reedición de otras de Florián Paucke, Martin Dobrizhoffer, entre otras tantas. Alentó la carrera folklórica de la joven Leda Valladares. Prestó apoyo financiero y político al trabajo de recopilación del folklore del norte realizado por Juan Alfonso Carrizo, el cual ha sido de vital importancia para la construcción de la identidad cultural del Noroeste argentino
Alentó a su esposa Elvira Salvatierra para que publicara "La Mesa del Hogar. Recetas de Elvira", una recopilación de recetas, algunas de ellas centenarias, en un exquisito trabajo de recupero cultural.
Consideraba Guillermo Furlong, que había en Padilla una tarea más meritoria cuando hacía uso de su influencia y esfuerzo a favor de los pobres y humildes, en particular de las provincias del Norte Argentino. Coincidía con esta apreciación el filósofo Alberto Rougés, quien agregaba que fue esa la principal misión de Padilla, tarea en la cual no tuvo descanso ni jubilación, pues la ejerció hasta el fin de sus días.
"Ojalá pudiera yo tener hijos que defendieran de esa forma a la familia y la fe católica", dijo su madre al enterarse de los triunfos de diputados católicos en el parlamento argentino.
A poco de asumir el joven Dr. Padilla como diputado al Congreso Argentino, en 1902, con sensacional elocuencia se opuso al proyecto de ley de divorcio. Su discurso en favor de la familia es recordado por la Iglesia Católica. Sin embargo, Padilla no esgrimió en ningún pasaje de su discurso, razones de índole religioso, fundando su postura en razones de legislación comparada, idiosincrasia, sentido común, conveniencias prácticas, la protección de la mujer desamparada y de las familias en situación de riesgo, etc.
Desde Europa, y aunque contrario a sus ideas, Alfred Naquet, habría de referirse a este discurso como ejemplo de "alta elocuencia".
Una de las frases del discurso de Padilla que le valió el elogio de Miguel de Unamuno, fue la que decía:
Queremos una Nación, queremos algo que sea propio, algo que sea argentino, como es el territorio; algo que tenga significado en nuestra tradición y en nuestra historia; y se condense en votos y aspiraciones comunes, que identifiquen las almas, y las levante con los mismos entusiasmos y con los mismos ideales...
Al finalizar su discurso, dice el diario de sesiones que se desencadenó una ovación unánime. Padilla, sombrero en mano, procuró esquivar los elogios, y salió lo antes posible a la calle, sin sospechar que ahí estaba toda la juventud para llevarle en andas por las cuatro calles que flanquean la Plaza de Mayo, y así ocurrió en efecto.
"Has honrado a tu provincia. Has dado a tu padre uno de los días más felices de su vida", le escribe Lucas Córdoba, entonces gobernador de Tucumán. El Presidente de la Nación, y lo era su comprovinciano Julio Argentino Roca, contrario a la postura de Padilla, ese mismo día envió un telegrama a aquél gobernador con esta sola frase: "Ha resucitado Estrada".
En 1916, en el marco de los festejos e inauguraciones del Centenario de la Independencia Argentina, se inauguró el museo de la Industria Azucarera, encargándose a Clemente Onelli, redactara una placa conmemorativa. Luego de conocer la leyenda en latín, redactada en honor del obispo José Eusebio Colombres, Padilla suprimió la frase: "E. Padilla consule", esto es: "bajo la gobernación de Ernesto Padilla", debido a que consideraba "una irreverencia poner el nombre del postrero que levanta el monumento al lado del que lo merece".
Luego de dejar la gobernación de Tucumán, Padilla procuró rehacer su situación económica mediante su profesión de abogado; declinó el cargo de senador nacional, y quiso someterse a la consulta popular mediante elecciones abiertas para el cargo de diputado nacional, obteniendo un resonante triunfo, que, en vigencia de la Ley Sáenz Peña, llamó la atención en la prensa nacional, para un "candidato conservador". Muchos lustros después siguió siendo llamado por las gentes como "el Gobernador", calificativo recibido casi por antonomasia.
En 1930, el Presidente de facto José Félix Uriburu designó a Padilla ministro de Educación, el cual renunció a los pocos meses. El expresidente Hipólito Yrigoyen, ante una consulta sobre qué opinión tenía de Ernesto Padilla en la mencionada cartera ministerial, al no despedir a ninguno de los funcionarios yrigoyenistas, refirió que: "no es de ese tucumano, honorable y santo, perseguir a nadie por sus ideas políticas".
Su gran amigo Miguel Díaz dijo que: "La benevolencia es un don de Dios. Ernesto Padilla gozaba de esa gracia celestial".
Para el historiador Manuel Lizondo Borda, "Padilla fue un hombre de acción ética durante toda su vida, a todas horas. Pero lo más raro es que realizó esa misión cuando ya no era un político militante, ni un alto funcionario, sino un hombre privado, lejos de Tucumán y del Norte que él amaba tanto."
Alberto Rougès señaló que esa fue la misión de Padilla "desde su más temprana juventud hasta su muerte, como un predestinado, como un elegido, en la cual no tendría jubilación ni podría dormir".
El escritor Gustavo Martínez Zuviría lamentó que Padilla no haya ocupado la primera magistratura argentina, "siendo el caso de preguntarse en voz baja para no agraviar ni desalentar a nadie, en qué medida la integridad de su catolicismo fue una valla que impidió que el Dr. Padilla fuera el presidente de los argentinos, arrebatando a la historia nacional uno de sus más brillantes capítulos".