Pizzurno se recibió de maestro en 1882, y comenzó a ejercer el magisterio en la prestigiosa Escuela Normal de Profesores (Escuela Mariano Acosta); dos años más tarde fue nombrado director en una escuela porteña, e integrado al año siguiente al Colegio Nacional de Buenos Aires. Se desempeñó en varias instituciones a la vez, creando una cátedra de pedagogía en la escuela de Subprefectos y Ayudantes, dictando conferencias y escribiendo sobre educación en varias publicaciones.
En 1887 lo nombraron director de la Escuela Superior de Buenos aires, y en 1889 enviado por el Consejo Nacional de Educación a la Exposición Internacional de París. Aprovechó el viaje para familiarizarse con las técnicas educativas empleadas en Europa, que detalló luego en varios informes y aplicó a la creación en 1890 del Instituto Nacional de Enseñanza Primaria y Secundaria.
En 1893 fundó la revista pedagógica La Nueva Escuela, que haría vehículo de sus planes de reforma; el CNE admitió algunas, introduciendo por ejemplo la educación física como parte de la currícula ese mismo año. En 1897 se lo eligió para integrar la comisión de renovación de los programas de estudio de las escuelas porteñas, y en 1898 designado inspector de los colegios bajo administración nacional. En 1900 ocuparía el cargo de inspector general.
En 1902 presentó el informe Pizzurno a Ministerio de Instrucción Pública, detallando históricamente todos los planes y métodos de estudio aplicados en el país hasta esa fecha, y proponiendo una reforma global. Trabajaría con el ministerio los 30 años siguientes, a la vez que continuaba su labor de inspector y se abocaba a la escritura y la docencia. Fue también quien implemento en las escuelas los rituales escolares y efemerides. Lo puso en practica por primera vez en el patio de una escuela para conmemorar la jornada del 25 de mayo
Es común que se crea que la sede del Ministerio de Educación argentino lleva el nombre de Palacio Pizzurno en su honor. Sin embargo, el edificio se llama Palacio Sarmiento. Lo que se llama Pizzurno es la callecita que está en su frente.
En Isidro Casanova, La Matanza, existen 3 edificios de educación Inicial, Primaria y Secundaria, llamadas Pablo Antonio Pizzurno (PAP).