Hijo de Juan López y Manuela Rega, ambos españoles, López Rega fue, de acuerdo con su biógrafo, un niño introvertido y callado, con un profundo interés en temas espirituales y religiosos. Trabajó en su adolescencia como empleado en una tintorería y como vendedor ambulante. El 19 de junio de 1943 se casó en Buenos Aires con Josefa Flora Maseda Fontenla , con quien tuvo a su única hija, Norma Beatriz López Rega,
Desde pequeño siempre quiso ser policía, pero cuando en una manifestación, el general Perón se quedó sin un custodia, él tomó su lugar. Una común afición por el espiritismo vinculó finalmente a López Rega con María Estela Martínez de Perón en 1965, cuando ésta, enviada por su esposo desde su exilio en España, organizó una reunión en casa del mayor Bernardo Alberte, delegado de Perón y promotor de varios de los movimientos de la izquierda peronista, entre ellos la CGT de los Argentinos.
Tras ganarse la confianza de María Estela Martínez de Perón (conocida popularmente como Isabel Perón), López Rega se trasladó a España, donde ejerció como custodio y luego como secretario privado del matrimonio. Tras las elecciones de 1973, en las que triunfó Héctor José Cámpora, Perón lo envió para ocupar la cartera de Bienestar Social; desde ésta se opuso a las medidas de los elementos más afines a la izquierda, como Esteban Righi.
En junio de este mismo año, cuando regresó Perón al país, López Rega fue el instigador del enfrentamiento entre las dos alas del peronismo que culminó en la brutal masacre de Ezeiza, en que los sectores bajo su mando fusilaron a las columnas de Montoneros que intentaban aproximarse al palco.
Apodado el Brujo por sus adversarios (por su afinidad al esoterismo, por la cual publicó en 1962 el libro Astrología esotérica, Alpha y Omega en 1963 y El sabio hindúeditado en en el año 1977) y Daniel o Lopecito por sus allegados ocupó el cargo de Ministro de Bienestar Social durante los gobiernos de Héctor J. Cámpora, de Raúl Alberto Lastiri, de Juan Domingo Perón y (después de la muerte de este) de Isabel Perón desde donde organizó la Alianza Anticomunista Argentina, un grupo terrorista de ultraderecha que practicó atentados y asesinatos selectivos para combatir la influencia de la izquierda del peronismo y de organizaciones progresistas opositoras al Gobierno.
Su influencia fue aumentando vertiginosamente desde 1973, y en especial luego de la muerte de Perón a mediados de 1974, convirtiéndose en un virtual primer ministro debido a su influencia sobre Isabel Perón, al punto de que casi la totalidad del gabinete estaba conformado por hombres de su confianza, promovidos por él mismo. Desde el cargo de Ministro de Bienestar Social, organizo y financio a la Triple A, un grupo terrorista paramilitar que persiguió y asesinó a los que él consideraba como infiltración marxista en el peronismo.
En 1975 el ministro de economía Celestino Rodrigo, promovido por el propio López Rega, anunció un plan económico para frenar la escalada inflacionaria que consistía en crear un shock mediante un súbito aumento de precios. La violenta reacción popular a este plan derivó en la renuncia de López Rega y su fuga hacia España como "embajador itinerante".
Tras permanecer más de 10 años prófugo, fue detenido en Estados Unidos en 1986 y extraditado a la Argentina donde fue procesado por asociación ilícita, secuestro y homicidio en el marco de los juicios a los responsables del Terrorismo de Estado, realizados durante el gobierno de Raúl Alfonsín.
Murió a los 72 años el 9 de junio de 1989 mientras cumplía prisión preventiva a la espera de la sentencia.