Sus padres viajaron desde Buenos Aires hacia París (su madre en avanzado estado de embarazo) a mediados de 1906 debido a la enfermedad que aquejaba a Federico Leloir (padre) y por la cual debía ser operado en un centro médico francés. El 6 de septiembre, una semana después de la muerte de aquél, nació su hijo póstumo Luis Federico Leloir en una vieja casa en la Rue Víctor Hugo 81 de la capital francesa.
De regreso a su país de origen en 1908, Leloir vivió junto a sus ocho hermanos en las extensas tierras pampeanas que sus antepasados habían comprado tras su inmigración desde España, 40 000 hectáreas llamadas El Tuyú, que comprendían la costa marítima desde San Clemente del Tuyú hasta Mar de Ajó.
Con apenas cuatro años, Leloir aprendió a leer solo, ayudado por los diarios que compraban sus familiares, para permanecer al tanto de los temas agropecuarios. Durante sus primeros años, se dedicaba a observar todos los fenómenos naturales con particular interés, y sus lecturas siempre apuntaban a temas relacionados a las ciencias naturales y biológicas.
Sus estudios iniciales se repartieron entre la Escuela General San Martín, donde dio libre el primer año, el Colegio Lacordaire, el Colegio del Salvador y el Colegio Beaumont (este último en Inglaterra). Sus notas no se destacaban ni por buenas ni por malas, y su primera incursión universitaria terminó rápidamente cuando abandonó los estudios de arquitectura que había comenzado en el Instituto Politécnico de París.
De nuevo en Buenos Aires, ingresó a la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires (UBA) para doctorarse en dicha profesión. Sus comienzos fueron difíciles, tanto que tuvo que rendir cuatro veces el examen de anatomía, pero en 1932 consiguió diplomarse e inició su actividad como residente en el Hospital de Clínicasy como médico interno del Hospital Ramos Mejía. Tras algunos conflictos internos y complicaciones en cuanto al trato que debía tener con sus pacientes, Leloir decidió dedicarse a la investigación de laboratorio.
En 1933 conoció a Bernardo A. Houssay, quien dirigió su tesis doctoral acerca de las glándulas suprarrenales y el metabolismo de los hidratos de carbono. El encuentro fue casual, ya que Luis Leloir vivía a solo media cuadra de su prima, la escritora y editora Victoria Ocampo, quien era cuñada del gastroenterólogo Carlos Bonorino Udaondo, otro eximio doctor, amigo de Houssay. Tras la recomendación de Udaondo, Leloir comenzó a trabajar junto al primer científico argentino en ganar el Premio Nobel en el Instituto de Fisiología de la UBA.
Su tesis, completada en solo dos años, recibió el premio de la facultad al mejor trabajo doctoral; junto a su maestro descubrió que su formación en ciencias tales como física, matemática, química y biología era escasa, por lo que comenzó a asistir a clases de dichas especialidades en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires como alumno oyente.
En 1936 viajó hacia Inglaterra para dar comienzo a sus estudios avanzados en la Universidad de Cambridge, bajo la supervisión de Frederick Gowland Hopkins, quien había obtenido un premio Nobel en 1929 por sus estudios en fisiología y/o medicina tras descubrir que ciertas sustancias, hoy conocidas como vitaminas, eran fundamentales para mantener la buena salud. Sus estudios en el Laboratorio Bioquímico de Cambridge se centraron en la enzimología, específicamente en el efecto del cianuro y pirofosfato sobre la succínico deshidrogenasa. A partir de este momento, Leloir se especializó en el metabolismo de los carbohidratos.
Hacia 1943 Leloir dejó el cargo de investigador que tenía en la Universidad de Buenos Aires, en solidaridad con su mentor Bernardo Houssay, quien había sido expulsado de la Facultad de Medicina de esa universidad por firmar una carta pública en oposición al régimen nazi de Alemania, en tiempos en que Pedro Pablo Ramírezera presidente de facto de Argentina, y Edelmiro Julián Farrell su ministro de guerra. El destino de Leloir fue Estados Unidos, donde ocupó el cargo de investigador asociado en el Departamento de Farmacología de la Universidad de Washington, a cargo del matrimonio de Carl y Gerty Cori, con quienes Houssay compartió el Nobel en 1947. También compartió investigaciones con el profesor D. E. Green en el Enzyme Research Laboratory, College of Physicians and Surgeons de Nueva York. Antes de partir hacia el exilio, se casó con Amelia Zuberbühler, con quien tuvo una hija a la que le pusieron el mismo nombre.
En 1945 regresó a Argentina para trabajar en el Instituto dirigido por Bernardo A. Houssay, precedente del Instituto de Investigaciones Bioquímicas de la Fundación Campomar, que Leloir dirigiría desde su creación en 1947 a manos del empresario y mecenas Jaime Campomar y durante 40 años.
Durante los últimos años de la década de 1940, Leloir realizó con éxito experimentos que revelaron cuáles eran las rutas químicas en la síntesis de azúcares en levaduras con equipos de muy bajo costo, debido a que carecía de recursos económicos. Previo a sus investigaciones, se creía que para poder estudiar una célula no se la podía disgregar del organismo que la albergaba. No obstante, su trabajo demostró que esa teoría pasteuriana era falsa.
Desde 1947 formó un grupo de trabajo junto a Ranwel Caputto, Enrico Cabib, Raúl Trucco, Alejandro Paladini, Carlos Cardini y José Luis Reissig, con quienes investigó y descubrió por qué el riñón impulsa la hipertensión arterial cuando está enfermo. Ese mismo año, su compañero de laboratorio Ranwel Caputto le planteó un problema que tenía en sus investigaciones biológicas de la glándula mamaria, por lo que su equipo, al que se había incorporado el becario Alejandro Paladini, logró que en una cromatografía se pudiera aislar la sustancia nucleótido-azúcar llamada uridina difosfato glucosa (UDPG), y por ende entender el proceso de almacenamiento de los carbohidratos y de su transformación en energía de reserva.
A principios de 1948, el equipo de Leloir identificó los azúcares carnucleótidos, compuestos que desempeñan un papel fundamental en el metabolismo de los hidratos de carbono, lo que convirtió al Instituto en un centro mundialmente reconocido. Inmediatamente después, Leloir recibió el Premio de la Sociedad Científica Argentina.
A pesar de que hacia fines de 1957 Leloir fue tentado por la Fundación Rockefeller y por el Massachusetts General Hospital para emigrar a los Estados Unidos, como su maestro Houssay, prefirió quedarse y continuar trabajando en Argentina. Dada su importancia, el Instituto Nacional de la Salud de los Estados Unidos (NIH) y la Fundación Rockefeller decidieron subsidiar la investigación comandada por Leloir.
Al año siguiente firmó un acuerdo con el Decano de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires, Rolando García, por el cual se creó el Instituto de Investigaciones Bioquímicas de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales nombrando profesores titulares a Leloir, Carlos Eugenio Cardini y Enrico Cabib. Esto contribuyó a que jóvenes universitarios argentinos se sintieran atraídos por la investigación científica, lo que repercutió en el crecimiento de la institución. También llegaron a ese centro investigadores y becarios procedentes de los Estados Unidos, Japón, Inglaterra, Francia, España y varios países de América Latina.
Para ese entonces, Leloir estaba llevando a cabo sus trabajos de laboratorio en conjunto con la docencia como profesor externo de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, tarea que sólo interrumpió para completar sus estudios en Cambridge y en el Enzime Research Laboratory de Estados Unidos.
Su voluntad de investigación superó a las dificultades económicas enfrentadas por el Instituto. Con herramientas caseras, Leloir se dedicó a estudiar el proceso interno por el cual el hígado recibe glucosa y produce glucógeno, el material de reserva energética del organismo, y junto a Mauricio Muñoz logró oxidar ácidos grasos con extractos de células hepáticas.
En 1968 obtuvo el premio Benito Juárez otorgado por el gobierno de México, el doctorado honoris causa de la Universidad Nacional de Córdoba, y la membrecía de la Pontificia Academia de las Ciencias de la Ciudad del Vaticano por resolución de sus miembros.23
En 1970 recibió el Premio Nobel de Química, y fue el primer iberoamericano en conseguirlo. Posteriormente su equipo se dedicó al estudio de las glicoproteínas –moléculas de reconocimiento en las células– y determinó la causa de la galactosemia, una grave enfermedad manifestada en la intolerancia a la leche. Las transformaciones bioquímicas de la lactosa en sus propios componentes son conocidas en el mundo científico como el "camino de Leloir". Donó los ochenta mil dólares del premio al Instituto Campomar para continuar su labor de investigación.
Falleció en Buenos Aires el 2 de diciembre de 1987 a los 81 años, tras un ataque al corazón poco después de llegar del laboratorio a su casa. Fue enterrado en el Cementerio de La Recoleta.