Emilio Castro había nacido en el año 1821 en la ciudad de Buenos Aires, capital de las Provincias Unidas del Río de la Plata, siendo sus padres Félix Castro del Castillo y Luisa de Rocha Esparza que era a su vez una hija del escribano Juan José Romualdo de Rocha y de Camila Esparza Cabral de Melo y Alderete quien fuera chozna de los azorano-portugueses Amador Vaz de Alpoim y la infanzona Margarita Cabral de Melo.
Se educó en el actual Colegio Nacional de Buenos Aires, y al culminar sus estudios, como pariente de varios prominentes miembros del Partido Unitario se unió al mismo, pronunciándose contra el líder del Partido Federal, el brigadier Juan Manuel de Rosas. Después de la revolución de 1833 se exilió con su familia en Montevideo.
En 1839 se incorporó como oficial del ejército del general Lavalle, a quien acompañó en su larga campaña contra Rosas. Luchó en las derrotas de Quebracho Herrado y Famaillá. Se exilió desde entonces en Bolivia, regresando hacia mediados de la década de 1840 a Montevideo.
Volvió a Buenos Aires después de la derrota de Rosas en la batalla de Caseros y se estableció como comerciante. Se unió al partido de Valentín Alsina y a mediados de la década de 1850 fue nombrado diputado provincial.
Después de la batalla de Pavón fue diputado nacional. Se identificó con el partido de Adolfo Alsina, adversario del presidente Bartolomé Mitre. No obstante, el gobernador Mariano Saavedra lo nombró jefe de la policía de la capital, y en 1865 fue electo vicegobernador, acompañando a Alsina.
Cuando, en octubre de 1868, Adolfo Alsina se convirtió en vicepresidente, Castro asumió la gobernación, y al año siguiente fue reelecto. Su gobierno fue ordenado, y el hecho de que no tuviera muchas ambiciones personales le ahorró problemas.
Tuvo algunos roces con el presidente Sarmiento, por la situación en que estaba el gobierno nacional en la ciudad de Buenos Aires, en calidad de huésped del gobierno provincial. Apoyó la extensión de los ferrocarriles, y aprobó que el gobierno provincial se hiciera cargo de construir líneas que no eran rentables para los privados.
En mayo de 1872 fue sucedido por Mariano Acosta, después vicepresidente, y por un corto período fue presidente del Club del Progreso. Posteriormente fue iniciado en la logia Regeneración Nº 5, el 17 de junio de 1874.
El gobernador Carlos Tejedor lo nombró jefe de la Guardia Nacional que pese a su nombre, esta era la poderosa milicia provincial de Buenos Aires. Apoyó la revolución de 1880 contra la elección de Julio Argentino Roca y la federalización de la ciudad de Buenos Aires.
En sus últimos años fue diputado nacional y fallecería en Buenos Aires en el año 1899.