Fue el quinto hijo de Luis Manzione, modesto hacendado, y de Ángela Prestera, entrerriana de Concepción del Uruguay, llegaría a tener ocho hermanos. Se crio en Añatuya, provincia de Santiago del Estero hasta los nueve años; cuando fue trasladado por su madre a Buenos Aires en tanto el padre trabajaba en Añatuya. La familia regresaba de vacaciones a su ciudad natal. De su infancia en el barrio de Pompeya data su familiaridad con la cultura del arrabal porteño, siempre presente en su obra. Sin embargo, Manzi destacaba su filiación del interior y, en ocasiones, firmó con el seudónimo Arauco ("rebelde" en quichua), para enfatizar su afinidad con la identidad santiagueña.
En Buenos Aires, trabó amistad con Cátulo Castillo, quien sería otro destacado letrista de tango. Bajo su influencia, y sobre todo de su padre José González Castillo, un escritor de cierto renombre, se dedicó a la literatura. Aún adolescente se introdujo en el teatro, escribió, dirigió y actuó en producciones locales. Mientras, comenzó su actividad de letrista; en 1922 escribió la primera de sus obras que se conserva, ¿Por qué no me besás?, grabada por Ignacio Corsini en 1926. De esa época data el tango Viejo ciego, que presentó al concurso de la revista El Alma que Canta.
Tras una breve incursión en el periodismo, Manzi trabajó como profesor de literatura y en los colegios nacionales Mariano Moreno y Domingo Faustino Sarmiento hasta 1930. Afiliado a la Unión Cívica Radical, por su apoyo militante al derrocado Hipólito Yrigoyen, y activista de la Reforma Universitaria, el gobierno de facto de Uriburu lo encarceló por un tiempo breve y lo expulsó de ambas cátedras. Exonerado de sus responsabilidades docentes, optó por dedicarse por entero al arte; organizó una compañía de danza con la que salió de gira por el interior del país, por Chile y por Perú.
El renovado contacto con los géneros folclóricos lo estimuló, junto con Sebastián Piana, a revalorizar el alicaído género de la milonga. Su Milonga del 900 (1932) marcó la renovación del género, al que aportó una complejidad poética sin precedentes; la Milonga sentimental, poco posterior, fue grabada por Carlos Gardel. En 1941 compone "Malena", música de Lucio Demare según todos los indicios inspirada en y dedicada a Nelly Omar, y en 1948 Sur, música de Aníbal Troilo, dos de sus tangos más famosos que se han convertido en clásicos del género y que se siguen cantando en la actualidad. En su honor existe la Casa Cultural del Tango Homero Manzi, en la ciudad de Medellín, en Colombia, fundada en 1988.
En 1935, insatisfecho con la dirección alvearista de la UCR participó de la fundación de FORJA (Fuerza de Orientación Radical de la Joven Argentina) junto con Arturo Jauretche, Luis Dellepiane y Raúl Scalabrini Ortiz. FORJA, un movimiento que preconizaba el retorno a los principios federalistas de la Constitución, hispanoamericanista y antiimperialista, criticó activamente la política del gobierno durante la llamada Década Infame por su sumisión a los intereses del capital internacional. No menos crítico con la oposición de Alvear, cuya complicidad con los intereses de la burguesía porteña era patente, Manzi resaltó los efectos perniciosos de la introducción de capitales extranjeros para con el interior; de acuerdo a una conocida definición suya, "Santiago del Estero no es una provincia pobre, sino una provincia empobrecida". Sus acciones le valieron ser expulsado de la Facultad de Derecho.
Durante esos años redobló su producción literaria, e incursionó en el cine. Ya había musicalizado algunas películas, pero produjo en estos años varios guiones, entre ellos el de Nobleza gaucha, de Sebastián Naón —la película muda de más éxito de la historia del cine argentino—, Escuela de campeones, Todo un hombre (con Francisco Petrone), Donde mueren las palabras y Rosa de América. Adaptó también para el cine, en colaboración con Ulyses Petit de Murat la novela La guerra gaucha, de Leopoldo Lugones, que dirigiría Lucas Demare con el mismo nombre en 1942. Ese año fundó la Artistas Argentinos Asociados, junto con Petrone, Demare, Sebastián Chiola y el productor García Smith, que sería uno de los pilares de la cinematografía nacional.
El historiador Horacio Salas al referirse a la evolución política de Manzi señaló:
"incluso durante la campaña presidencial de 1946, Homero Manzi continuaba militando en la UCR y -en contradicción con sus posturas frente al alvearismo- ni siquiera se alejó cuando el comando Unionista dispuso la formación de la Unión Democrática."
Recién a fines de 1947 Manzi se acercó al peronismo2 por lo cual fue expulsado del radicalismo, lo que motivó que el 16 de diciembre de 1947 pronunciara un discurso en horario central por Radio Belgrano en el cual entre otros conceptos dijo que "Perón, como dijo Farías Gómez, es el reconductor de la obra inconclusa de Yrigoyen. Mientras siga siendo así, nosotros continuaremos creyéndole, seremos solidarios con la causa de su revolución que es esencialmente nuestra propia causa. Nosotros no somos ni oficialistas ni opositores: somos revolucionarios".
Su admiración por Perón quedó plasmada luego en su poema Versos de un payador al General Juan Perón.
En 1948 fue electo presidente de la Sociedad Argentina de Autores y Compositores, S.A.D.A.I.C. Ese mismo año dirigió Pobre mi madre querida, sobre guion propio. En 1950 repitió con El último payador. Para ese entonces, sin embargo, se encontraba ya gravemente enfermo de cáncer. Seguía escribiendo, colaborando sobre todo con Aníbal Troilo, para quien escribiera la letra de "Sur". Poco antes de su muerte compuso dos milongas —Milonga a Perón y Milonga a Evita— para Hugo del Carril. El 3 de mayo de 1951 falleció en Buenos Aires.