Mujica Láinez nació en Buenos Aires el 11 de noviembre de 1910, en una familia de orígenes aristocráticos y emparentada con las familias patricias y fundadoras de la Argentina.
Era hijo de Manuel Mujica Farías y Lucía Lainez Varela, su abuelo paterno, Eleuterio Santos Mujica y Covarrubias, descendiente del fundador de las ciudades de Buenos Aires y Santa Fe, Juan de Garay, le inculcó el amor a la tierra natal; el materno, Bernabé Lainez Cané, el gusto por la literatura.
Su abuela materna, Justa Varela, era sobrina de Juan Cruz y Florencio Varela, su madre que dominaba el idioma francés, escribía obras de teatro, por eso "Manucho" o Manuel Mujica Láinez tuvo sus comienzos literarios a los 6 años escribiendo una obra de teatro.
Su padre era un hombre que "fue una especie de solterón siempre", según el mismo "Manucho" pudiera haber sido su abuelo y era un adinerado "clubman" ya que fue su padre cuando tenía 36 años siendo mucho mayor de edad que la madre, el hermano de "Manucho" tras criarse en París se dedicó a ser periodista en Estados Unidos.
La infancia de Manuel Mujica Láinez estuvo muy influida por un accidente que sufrió: siendo muy niño cayó sobre una cacerola con agua hirviendo por lo cual se quemó gran parte de su cuerpo, durante su convalecencia sus parientas para consolarlo le contaron cuentos muchos de ellos basados en historias reales de la historia argentina, sus cuatro tías le influyeron mucho, siempre las recordó con mucho afecto, por ejemplo Ana María Láinez le influyó con su orientalismo relatándole creencias de Asia. También fue muy influyente su abuela materna.
En 1923 su familia se trasladó a Europa, una costumbre habitual de la clase alta de la época. Residieron primero en París, donde estudió en la École Descartes y posteriormente en Londres, donde continuó su formación con un tutor, Mr. White. Regresó a su país natal en el año 1928 junto con su hermano menor y su padre, y termina sus estudios en el Colegio Nacional de San Isidro.
Por insistencia de su familia, comenzó la carrera de Derecho, pero abandonó ese mismo año.
En 1932 accedió como redactor al diario La Nación, inicialmente en la sección de noticias de sociedad. Continuaría colaborando tanto en La Nación como en otras publicaciones (como la revista El Hogar) como crítico de arte y cronista de viajes. Muchos de sus artículos fueron recogidos y publicados en libro.
En 1936 se casó con Ana de Alvear Ortiz Basualdo, también de familia aristocrática, con quien tendría tres hijos (Diego, Ana y Manuel). Ese mismo año publicó su primer libro, Glosas castellanas, una serie de ensayoscentrados en su mayor parte en el Quijote.
En 1939 publicó su primera novela, Don Galaz de Buenos Aires. Le siguen las biografías de su antepasado Miguel Cané (padre) (1942) y de los poetas gauchescos Hilario Ascasubi (Aniceto, el Gallo, 1943) y Estanislao del Campo (Anastasio, el Pollo, 1947).
En 1949 y 1950 publicó dos libros de cuentos que, por su semejanza de temas, formas y estilo, marcan el comienzo de su madurez literaria.
El primero, Aquí vivieron, recorre, a través de cuentos ambientados en distintas épocas, la historia de una quinta ubicada en San Isidro, desde su construcción hasta su demolición.
El segundo, Misteriosa Buenos Aires, sigue una estructura similar, aunque en lugar de una casa recorre la historia de la capital argentina, desde su fundación en 1536 hasta el año del centenario de la Revolución de Mayo, en 1910.
Son cuentos en los que se mezclan sucesos históricos y personajes reales con personajes ficticios, y van desde el realismo histórico hasta lo fantástico.
En ambos libros están presentes elementos característicos de la prosa de Mujica Láinez, los cuales aparecerán también en sus novelas, como el uso de un lenguaje cultivado y elegante sin llegar a ser ostentoso u opaco, el interés por la historia (tanto argentina como europea) y el retrato del auge y la decadencia de la alta burguesía argentina.
En los años siguientes publicó una tetralogía conocida como Saga porteña o Ciclo porteño: Los ídolos (1953), La casa (1954), Los viajeros (1955), e Invitados en El Paraíso (1957).
Son novelas que pueden leerse como piezas autónomas, en las que evoca el mundo de la aristocracia argentina, desde una perspectiva que muchos consideran decadente. Un sector de la crítica incluso las considera como lo mejor de su producción,«no sólo por su magistral construcción literaria, sino también por lo que contienen de testimonio profundamente sentido. Son narraciones luminosas, pobladas de personajes contemplados con humor, con mirada no torva ni demoledora sino piadosa y hasta jovial.»
Considerando agotado el tema argentino, Mujica Láinez guardó un silencio creativo de cinco años, durante los cuales se dedicó a viajar por el mundo y escribir crónicas para La Nación.
La experiencia de estos viajes lo motivó a escribir una segunda serie de novelas históricas ambientadas en Europa entre la Edad Media y el Renacimiento, y que la crítica extranjera considera como sus obras más logradas: Bomarzo (1962), El unicornio (1965) y El laberinto (1974).
Bomarzo es una historia sobre el Renacimiento italiano narrada por un muerto, Pier Francesco Orsini, el noble jorobado que dio nombre a los famosos y extravagantes jardines italianos de Bomarzo, conocidos como Parque de los monstruos.
En esta novela se asiste a la coronación de Carlos I de España, a la batalla de Lepanto, pasando por las poco edificantes costumbres de papas y personajes de la época y crímenes de copa y puñal.
Es citada a menudo como la más lograda de la serie, y su mejor novela. Sirvió de base para una ópera, con música de Alberto Ginastera y libreto del mismo Mujica Láinez. Se estrenó en Washington en 1967 y fue prohibida por la dictadura militar de Juan Carlos Onganía, por lo que en la Argentina no se estrenó hasta 1972.
El unicornio está ambientada en la Edad Media francesa de los trovadores. Su protagonista es el hada Melusina, víctima de una maldición por la que, todos los sábados, adopta cuerpo de serpiente y alas de murciélago; testigo de los avatares de la época de las Cruzadas, sigue las peripecias de su prole de Lusignan hasta la toma de Jerusalén por Saladino.
El laberinto está protagonizada por Ginés de Silva, el chico que sostiene un cirio encendido y mira al espectador en la parte inferior del cuadro El entierro del Conde de Orgaz de El Greco, y en el que, según algunos autores, estaría retratado Jorge Manuel Theotocopuli, el hijo de El Greco.
Esta novela presenta la sociedad española en tiempos de Felipe II, su esplendor y su miseria, antes de que el protagonista partiera hacia América. Éste declara ser hijo de la La ilustre fregona cervantina, y sobrino del Caballero de la mano en el pecho, y con esos nombres presentará a personajes que van desde Lope de Vega al Inca Garcilaso, pasando por Fray Martín de Porres o Juan Espera-en-Dios, el Judío Errante (que, de una forma u otra, aparece en todas las obras de la trilogía formada por Bomarzo, El unicornio y El laberinto).
A fines de la década, aparecen los cuentos de Crónicas reales (1967) y la novela De milagros y melancolías (1968). Agotado por la labor de documentación y reconstrucción de época de sus novelas anteriores, en estas obras Mujica Láinez adopta un tono deliberadamente burlesco, irónico, reescribiendo la historia europea (en Crónicas reales) y la de la conquista de América (en De milagros y melancolías).
En 1969 se retiró de su empleo en La Nación, vendió su casa del barrio de Belgrano, donde vivía desde 1936, y se trasladó con su familia a una casona de estilo colonial ubicada en la zona de Cruz Chica, a unos 3 kilómetros del centro de La Cumbre, Córdoba, llamada "El Paraíso", diseñada por León Dourge y edificada en 1915.
Ya instalado allí, escribió la novela Cecil (1972), relato autobiográfico narrado por su perro, el whippet Cecil.
Posteriormente publicó El viaje de los siete demonios (1974), novela de tema esotérico (Mujica Láinez era un gran aficionado a las ciencias ocultas, y se sabe que en su biblioteca poseía algunos antiguos libros de demonología, los cuales aún se conservan) y una serie de novelas (Sergio, Los cisnes, El Gran Teatro) que retoman el ambiente aristocrático porteño de sus primeras obras.
Su última novela, El escarabajo (1982), cierra el ciclo de novelas históricas. Recurriendo a un procedimiento ya usado con anterioridad, la novela es protagonizada por un anillo egipcio que, hundido en el fondo del mar, cuenta su vida y la de sus posesores, desde la reina Nefertari hasta una millonaria estadounidense, pasando por la mano de uno de los asesinos de Julio César o la de Miguel Ángel, entre otros. Su último libro de cuentos, Un novelista en el Museo del Prado (1984) retoma a su vez tópicos fantásticos: los cuadros del museo de Madrid cobran vida durante la noche.
Falleció en su casa el 21 de abril de 1984, a los 73 años de edad, a causa de un edema pulmonar, y fue sepultado en el cementerio de la cercana localidad de Los Cocos. Dejó inconclusa una novela, Los libros del sur, en la que se encontraba trabajando al momento de su deceso.
Desde 1987 funciona en esa casa un museo dedicado a su vida y obra, que conserva tanto la biblioteca (diezmada durante gestiones anteriores, durante las que desaparecieron alrededor de veinte mil volúmenes y terminó en una causa judicial) como el mobiliario y diversos objetos que fue adquiriendo en sus viajes.
En julio de 2014 la Fundación Mujica Láinez (presidida por la hija del escritor) anunció el inminente cierre del Museo por falta de recursos para mantenerlo, ante lo cual la ministra de Cultura Teresa Parodi manifestó su intención de otorgar un subsidio mensual a la institución, subsidio que jamás llegó a materializarse por desavenencias entre las partes, mientras que en el Congreso se presentó un proyecto para declararlo Monumento Histórico Nacional, algo que finalmente se realizó en parte, declarando el inmueble como Patrimonio Histórico Nacional, pero sin llegar a recibir ningún tipo de ayuda económica.
En septiembre de 2016, Ana Mujica se reunió con el actual Ministro de Cultura, Pablo Avelluto; aunque hubo acuerdos de colaboración, no se concretó ninguna ayuda. A marzo de 2017, la situación sigue siendo precaria, debido a dificultades burocráticas y desinterés del gobierno provincial.
La prosa de Mujica Láinez se considera "fluida y culta, de sabor algo arcaico, detallista y preciosista; rehúye la palabra demasiado común, sin buscar sin embargo la desconocida para el lector". Es en especial hábil en reconstruir ambientes, gracias a un dotado talento descriptivo y una gran formación como crítico de arte, aparte de su rica inventiva y su exquisitez literaria, enriquecida por los conocimientos de historia legados a través de sus antepasados.
El autor, seducido por las doctrinas esotéricas, creía con firmeza en la reencarnación y declaró escribir "para huir del tiempo". Ese es el tema de la mayor parte de sus obras.
En su narrativa pueden establecerse dos vertientes principales: el tema argentino (La casa, Los viajeros, Invitados en El Paraíso, El Gran Teatro) y las novelas históricas (Bomarzo, El unicornio, El laberinto y El escarabajo).
Novelas
Cuentos
Ensayos
Biografías
Traducción
Crónicas periodísticas
En colaboración
Obras póstumas