Durante el gobierno de Juan Perón fue agregado naval de las embajadas en Brasil y en Uruguay (1950-1951), y posteriormente director de la Escuela Naval (1953-1955).
No participó en conspiraciones antiperonistas hasta que Perón inició su conflicto con la Iglesia Católica a fines de 1954, lo cual lo persuadió de integrarse a distintas coaliciones golpistas, hasta que en agosto de 1955 le fue ofrecido el mando naval en el inminente golpe de estado que estaba siendo coordinado por el capitán de navío Arturo Rial, en tanto dentro del Ejército había varios grupos de golpistas, entre los cuales uno estaba encabezado por el general Eduardo Lonardi y otro por el general Pedro Eugenio Aramburu. Estos grupos no habían fijado objetivos políticos comunes, salvo el del derrocamiento del gobierno.
La proclama inicial transmitida a las 15:20 horas del 16 de septiembre, encabezada por un ¡Aquí...Puerto Belgrano! decía:
Al Pueblo de toda la República. Movidos por los más puros ideales, apoyados por el legado histórico de nuestros próceres, alentados por las sagradas estrofas del Himno Nacional, nos hemos levantado hoy en vuestra compañía, contra la siniestra tiranía que ha tratado por todos los medios de ensuciar y destruir nuestra fe, nuestros símbolos y nuestras instituciones. Los objetivos son la libertad, la justicia y la paz espiritual. Combatimos la opresión, el odio, la corrupción de las instituciones y del mismo sentimiento de argentinidad"
El almirante Rojas al mando del grueso de la Flota de Mar desde el crucero de guerra ARA 17 de octubre (ex-USS Phoenix, luego de la revolución rebautizado ARA General Belgrano) advirtió a Perón de que "de no promoverse su salida del gobierno, la Flota de Mar bombardearía las instalaciones petroleras de YPF en Mar del Plata, Argentina".
Es así que en la alborada del lunes 19 los buques se situaron frente a la costa de Mar del Plata, la que había sido evacuada en la zona adyacente a los depósitos de combustible ante las advertencias de un inmediato bombardeo.
Según Enrique Manson, Rojas amenazó con que la próxima operación iba a ser sobre las destilerías de petróleo de La Plata, y si Perón no presenta la renuncia, seguirían hasta la destrucción de los tanques de Dock Sud.
Alrededor de las 14 procedió a destruir las instalaciones con dos cañonazos, ocasionando una cantidad no determinada de muertos y heridos. ,
A las 5.30 (del día 19), la población fue instada a abandonar sus hogares sobre toda la franja ribereña marplatense, que se extiende por más de 40 kilómetros, ante la amenaza de un inminente ataque desde las naves de guerra. Las amenazas de bombardeo apuntaban no sólo al puerto, al sur de la ciudad, sino también al área central, de los edificios Casino y Hotel Provincial, y la tradicional playa de La Perla, la primera hacia el norte.
Sin embargo a las 6.40 se escuchó en toda la ciudad una tremenda explosión, al impactar una bomba contra uno de los depósitos de combustibles de YPF en el puerto. Desde este momento, con desesperación en muchas casos, las familias abandonaron sus casas en el sector costero, y muchas a pie, corriendo, se alejaron del mar.Los bombardeos siguieron durante toda la mañana y también alcanzaron a la Escuela Antiaérea (la actuación de Agrupación de Artillería de Defensa Aérea), situada en el extremo norte del distrito. Tras varias horas de bombardeos desembarcaron tropas y ocuparon la Escuela de artillería antiáerea de Mar del Plata y la ciudad misma sin encontrar resistencia.
Prosiguen viaje hacia Buenos Aires y por Radio Pacheco advierten a la población civil que debe evacuar la zona adyacente al dock de Berisso porque se produciría el bombardeo de la Destilería de La Plata.
Una vez logrado el renunciamiento de Perón, Lonardi se impuso como presidente de facto.
Fue vicepresidente del gobierno provisional que encabezó Lonardi y retuvo el cargo durante el ejercicio presidencial de Pedro Eugenio Aramburu. Como presidente de la Junta Consultiva (órgano de facto creado por la Revolución Libertadora con la participación de representantes de varios partidos políticos) representó las posturas más antiperonistas.
Disolvió la Constitución de 1949 y fue un acérrimo proscriptor del peronismo, llegando incluso a prohibir el uso de las palabras «Perón», «peronismo», «justicialismo», etc.Según investigaciones judiciales posteriores fue artifice de los asesinatos en los basurales de José León Suárez, Entre ellos está la declaración de 1958 sobre la participación de Rojas en los asesinatos de junio de 1956, y en el asesinato de Manuel Chávez, secretario de la CGT Regional Azul y fue asesinado en su casa el 22 de septiembre de 1955 por miembros de la Armada.
Como Jefe de Operaciones Navales estuvo involucrado en 1957 en los hechos que condujeron al incidente del Islote Snipe en el Canal Beagle y que tensaron las relaciones entre Chile y Argentina.
Luego que la «Revolución Libertadora» devolviera el gobierno a los partidos políticos, durante el gobierno de Arturo Frondizi obtuvo el retiro efectivo.
Isaac Rojas intervino[cita requerida] en 1963 en un fracasado golpe de Estado contra el gobierno del presidente interino José María Guido. El 7 de febrero fue detenido por la policía, pero pronto recuperó la libertad.
En el transcurso del Conflicto del Beagle fue uno de los promotores del rechazo al Laudo Arbitral de 1977 y partidario de la guerra con Chile para obtener la soberanía sobre las islas.
Para ello creó el Movimiento de Reafirmación de la Soberanía Argentina en Picton, Lennox, Nueva y demás islas del Atlántico Sur y compiló el libro Argentina en el Atlántico, Chile en el Pacífico.
En 1989, al asumir la presidencia Carlos Saúl Menem, acudió a visitar al Almirante Rojas en su domicilio, un departamento ubicado en calle Austria entre Santa Fe y Arenales,que Rojas ocupó durante toda su vida. Dado que debido a su avanzada edad y precaria salud ya no salía de su casa, Menem en una inusual actitud lo visitó -según dijo-, para dar un ejemplo de concordia y para poner de manifiesto su deseo de terminar con la antinomia peronismo-antiperonismo, que dividió a los argentinos durante cuarenta años.
Apodado "La Hormiga Negra" debido a su muy delgado físico y las enormes gafas que usaba, pidió que —al fallecer— sus cenizas fueran esparcidas sobre el Mar Argentino en el lugar donde durante la Guerra de Malvinas fue hundido el crucero ARA General Belgrano.