Marcos Balcarce era el tercer hijo de un oficial del regimiento de Blandengues, el coronel barcelonés Francisco González Balcarce Lat, y la porteña Victoria Damasia Martínez Fontes Bustamante, y el hermano de los Balcarce: Juan Ramón, Antonio, Lucas, José, Diego y Francisco. Curiosamente, el único de los hermanos Balcarce que suele ser citado con el apellido completo de González Balcarce es Antonio; todos los demás son generalmente conocidos con el apellido Balcarce.
Inició en la carrera militar en 1790, en el regimiento de blandengues comandado por su padre. Era Alférez en 1799, y ascendió a Teniente en 1804. Peleó contra los ingleses invasores de Buenos Aires en 1806 y de Montevideo en 1807, quienes lo tomaron prisionero remitiéndolo a la Gran Bretaña. Al producirse el vuelco de las alianzas en la guerra, es puesto en libertad y enviado a España, donde asiste a las batallas de Ciudad Rodrigo y Río Seco contra las fuerzas de Napoleón.
A su regreso, participó de la Revolución de Mayo y las guerras de la Independencia. Con el grado de general fue designado Gobernador Intendente interino de la Intendencia de Cuyo en julio de 1814 por el Director Supremo Gervasio Posadas, siendo sucedido en el cargo, el 12 de septiembre del mismo año, por el coronel José de San Martín y enviado a Chile.
Más adelante militó a las órdenes de O'Higgins y Las Heras y, cuando volvió a Buenos Aires, Álvarez Thomas le confió la secretaria de Guerra.
De regreso a su patria, alcanza el grado de Sargento Mayor del regimiento Granaderos de Liniers en 1809, y de Teniente Coronel en 1810.
Participa en la Revolución de Mayo y hace la campaña de la Banda Oriental. En 1813 se le designa para mandar el destacamento de los 300 "Auxiliares Argentinos" en Chile, y del otro lado de los Andes se bate en "Cucha Cucha" el 23 de febrero de 1814) y en "Membrillar" 20 de marzo de 1814 y en otras acciones menores, alcanzando los galones de Brigadier.
Más tarde asume la gobernación de Cuyo y luego el cargo de Secretario de Guerra en 1815. Va de General en Jefe del ejército directorial que invade Entre Rios en 1818, y lo derrotan Ramírez y los federales artiguistas en "Saucecito".
En 1819 comanda las tropas que, desde Cuyo, marchan contra los caudillos del Litoral, pero cae prisionero en Santa Fé.
Es después Ministro de Guerra y Comandante de Armas; y en 1820 queda al frente del gobierno porteño, en dos breves períodos, en reemplazo de Dorrego que sale a combatir a los santafecinos.
También posteriormente lo reemplazó a Martín Rodríguez como Gobernador, durante tres meses. Repetidamente fué Ministro de Guerra en las administraciones de Las Heras, Rivadavia, Vicente López y Juan Manuel de Rosas. Fallecio en Buenos Aires el 4 de diciembre de 1832