Aguirre era hijo de don José Gabriel Aguirre y Juana Dominga Arias Montiel, familia registrada en Santa Fe desde el mismo momento de la fundación. Se incorpora al ejército cuando pasa Belgrano por Santa Fe hacia el Paraguay y a partir de allí desarrolla una azarosa y comprometida carrera militar. Durante el sitio de Montevideo sirvió a órdenes de Rondeau, es ascendido y recibe por su desempeño la medalla de plata con la inscripción "La Patria Reconocido a los Libertadores de Montevideo".
Luego de participar en diferentes campañas y acciones militares es llamado por San Martín a completar los cuadros en el Ejército de los Andes. Participa en la batalla de Chacabuco, en la derrota de Cancha Rayada entre las fuerzas de Las Heras, y en Maipú. Su desempeño heroico le hizo merecedor de la Medalla de Plata y del Cordón de Oro por parte del gobierno del Río de La Plata. El de Chile lo distingue con "Medalla y Cordón de Oro", "la Legión al Mérito", "Cruz de Oro" y el título de "Heroico Defensor de la Nación". Al finalizar esta parte de la campaña fue ascendido a teniente coronel efectivo. Luego se embarca al Perú a órdenes del Gral. Arenales, participando de diferentes combates y del sitio del Callao, donde permaneció hasta el retiro de los realistas de las sierras. Por su desempeño, se le otorgaron dos medallas de oro, la designación de "Benemérito de la Orden del Sol de Perú" y es nombrado comandante general de los resguardos de Lima.>
En 1823, regresa a Buenos Aires, está presente en la batalla de Ituzaingó, finalizando su carrera en el ejército de la provincia de Buenos Aires con el grado de Coronel. Fallece el 15 de abril de 1847 legando para la historia el "Compendio de las Campañas del Ejército de los Andes", el que fuera reeditado por disposición del Gral. Jerónimo Espejo.